Mots-Clés

Omics informatique base de données web

Description

Environnement de travail

L'ingénieur(e) en informatique recruté(e) sera positionné(e) à l’institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC, Sophia-Antipolis), unité mixte de recherche (UMR7275) qui regroupe 20 équipes de recherche et des services et plates-formes technologiques. Il/Elle intégrera le pôle de bioinformatique regroupant 8 ingénieurs support sur l’analyse de données de biologie quantitative.

Descriptif du poste

La personne recrutée se verra confier les missions suivantes :

• Contribuer au développement de l’application ODIN (Omics Data Integration Network) qui vise à collecter, gérer, analyser et diffuser les données de biologie quantitative produites dans le cadre de projets de recherche des équipes de la communauté UniCA. Le système permettra de stocker et de traiter de manière sécurisée les données et les scripts d’analyses bioinformatiques (scripts/notebooks) développées au sein des équipes et des plateformes
• Concevoir, mettre en œuvre et maintenir des procédures de préparation des données soutenant l'adoption de bonnes pratiques de gestion (principes FAIR)
• Interagir avec les projets nationaux en cours qui développent des solutions de courtage de données en bioinformatique
• Contribuer à la définition des métadonnées appropriées à l’annotation des différents types de données et analyses gérées
• Assurer la documentation et l'accompagnement des utilisateurs pour l'adoption de ces nouvelles procédures à travers la conception et la réalisation de tutoriaux et formations

Activités principales

• Concevoir et développer une base de données relationnelle (SQL)
• Concevoir et réaliser des interfaces utilisateur et de programmation (GUI, API)
• Mettre en place des processus automatiques de traitement de données sur la plateforme dématérialisée d’UniCA (Machine virtuelle, container, cluster de calcul)
• Mettre en place des connecteurs entre la base et des outils de versioning, d'analyse et de traitement (GitLab, JupyterLab)
• Participer aux réunions et groupes de travail pour assurer l'adéquation de l'outil avec les besoins des collaborateurs des différents partenaires
• Rédiger en français et en anglais la documentation pour les utilisateurs, les administrateurs et les développeurs
• Participation à l’animation du réseau des informaticiens partenaires

Profil recherché

• Niveau BAC+5 ou plus en informatique
• Bonne communication en français et en anglais, capacités d'écoute, force de proposition, goût pour le travail en équipe

Compétences et qualités requises

• Connaissance en développement de backend (Django, Ruby on Rails ou Laravel/Symphony) et fontend (VueJS, Bootstrap)
• Bonne connaissance en conception et requêtage de bases de données SQL
• Bonne connaissance du modèle objet et des patrons de conception (design patterns)
• Bonne connaissance des outils de test (unitaire et fonctionnel) et des bonnes pratiques en qualité logicielle
• Bonne connaissance de l'outil de versioning Git et des cycles de développement en intégration continue (Github, GitLab)
• Connaissance des solutions de conteneurisation (docker ou singularity)
• Connaissance des environnements Linux
• Connaissance de l’anglais lu, écrit et parlé

Des compétences additionnelles seront aussi appréciées :

• Connaissance des méthodes d'authentification et annuaires (openLDAP, SSO)
• Connaissance d'un outil de déploiement automatique (Ansible, Salt)
• Connaissance en développement agile
• Culture du Logiciel Libre et Open Data

Localisation de l’emploi

Le travail s’effectuera au sein du Hub de bioinformatique de l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) à Valbonne-Sophia-Antipolis (8 agents). L’IPMC est une unité mixte de recherche (UMR7275) constituée entre le CNRS et Université Côte d'Azur. Ses 20 équipes de recherche de renommée internationale et ses services et plateformes technologiques mutualisées de pointe, représentant un effectif d'environ 220 personnes de 20 nationalités différentes, se répartissent sur 2 bâtiments d'une superficie de 8 000 m². Le projet ODIN s’inscrit dans une démarche collective d’Université Côte d’Azur intégrant les principaux acteurs liés à l’analyse des données produites par les instituts de biologie. Afin de maintenir des interactions fortes entre les partenaires des missions régulières seront ainsi opérées par l’ingénieur-e dans les autres instituts : Nice (IBV, C3M, IRCAN), Sophia-Antipolis (ISA).

Modalités et Rémunérations

Contrat à Durée Déterminée d’un an d’Université Côte d’Azur (crédits mis à disposition par l’Académie d’Excellence 4 « Complexité et Diversité du Vivant » de l’IDEXJEDI).

Rémunération comprise entre 2.500 et 3.700 € brut par mois selon profil du candidat.