Mots-Clés

Python Conda Snakemake Singularity/Apptainer MySQL

Description

Environnement de travail, missions et activités

CONTEXTE

L’URGI, unité INRAE de recherche en bioinformatique dédiée à la génomique et à la génétique des plantes et de leurs bio-agresseurs, recherche un ingénieur en développement logiciel pour un contrat en CDD de 12 mois. Vous intégrerez le service « Annotation des génomes » de la plateforme PlantBioinfoPF hébergée par l’URGI.

MISSIONS

Vous participerez au développement de la suite logicielle REPET, outil phare de l’unité, qui permet la détection, l’annotation et l’analyse des éléments transposables dans les génomes. L’objectif sera de faire évoluer le code de REPET dans le gestionnaire de workflow Snakemake pour mieux gérer les dépendances par des appels d’images de conteneurs et de paquets Conda. Ce projet a pour objectif : d’améliorer la portabilité et l’évolutivité de REPET.

Mot clés : python, conda, Snakemake, Singularity/Apptainer, MySQL

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

COMPETENCES NECESSAIRES

• Bonnes capacités relationnelles, goût pour le travail en équipe.
• Maîtrise de l’environnement Linux.
• Connaissances en bases de données relationnelles (MySQL).
• Bonnes connaissances du langage de script (bash, Python).
• Connaissances du framework Snakemake
• Connaissances du gestionnaire de packages Conda
• Connaissances des technologies de containerisation (Docker, Singularity/Apptainer)