Mots-Clés

ChIP-seq micro-array Cancer du foie transcription oncogène ß-caténine

Description

Description

Le projet vise à mieux comprendre l’implication de la ß-caténine dans la progression des cancers du foie. La ß-catenine est un oncogène bien établi dans le foie, mais dans la plupart des cas, les mutations sur le gène CTNNB1 sont à l’état hétérozygote et il co-existe dans les cellules une ß-caténine mutée et une ß-caténine sauvage. Nous avons établi un modèle d’étude nous permettant d’étudier leurs rôles respectifs. Par une approche de ChIPseq, le projet vise à identifier les cibles transcriptionnelles de la ß-caténine mutée et de la ß-caténine sauvage, dans les cellules tumorales hépatiques.

La/le stagiaire aura pour mission l’analyse des données de ChIP seq obtenues après extinction de la ß-catenine sauvage ou mutée. Ces données seront confrontées à nos données transcriptomiques (micro-array) déjà acquises (Gest, Sena et al., JHEP Reports 2023), afin d’identifier de nouvelles cibles transcriptionnelles directes de la ß-caténine. L’aspect innovant est apporté par le découplage des données issues des deux allèles de ß-caténine.

Ainsi, les résultats issus de ce travail permettront d’identifier de nouvelles cibles en aval de la ß-caténine, potentiellement impliquées dans la progression des tumeurs et/ou la résistance aux traitements (comme c’est le cas actuellement pour les carcinomes hépatocellulaires mutés ß-caténine).

Profil recherché

Master 2 Bioinformatique

- Connaissances en (bio)statistique et biologie

- Programmation R et utilisation de lignes de commande de base bash

- Rigueur et esprit de synthèse

- Capacité à travailler en équipe

- Motivation pour un projet pluridisciplinaire

Ce projet sera réalisé dans l’équipe 3 de BRIC, en collaboration étroite avec la cellule ODILE (Omics Data Integration Leading Expertise) récemment mise en place au sein de l’unité BRIC.