Mots-Clés

Assemblage, évolution, génétique des populations

Description

Contexte et objectifs

Le long du littoral français, deux espèces de palourdes vivent en sympatrie, la palourde européenne Ruditapes decussatus, endémique des côtes européennes, et la palourde japonaise, R. philippinarum, introduite sur les côtes européennes dans les années 1970. Cette introduction a entrainé des changements évolutifs chez les deux espèces : (i) un fort effet de fondation (i.e. perte de diversité génétique liée à l’introduction dans un nouvel environnement d’un petit nombre d’individus) a été observé chez la palourde japonaise en Espagne (Cordero et al. 2017; Chiesa et al. 2017), (ii) on s’attend également à une perte de diversité génétique chez la palourde européenne suite à la réduction importante des populations sur l’ensemble de son aire de répartition. Cependant, l’histoire évolutive de ces deux espèces est relativement peu décrite, uniquement sur quelques populations isolées avec quelques gènes nucléaires.

L’objectif est ce stage est de retracer l’histoire évolutive de ces deux espèces, en termes de diversité et structure génétiques. Pour cela, le séquençage de sept génomes complets sur neuf sites pour les deux espèces (N=7x9x2) espèce a été réalisé en « paired-end » de 2 x 150 paires de bases sur un séquenceur Illumina Novaseq 6000 (profondeur de séquençage 10X). La « relative » faible profondeur de ces génomes est compensée par des génomes de référence de qualité en cours d’assemblage. Lors de ce stage, les données brutes de séquençages Illumina seront traitées bio informatiquement permettant notamment d’obtenir un jeu de données illustrant la variabilité génomique des populations naturelles (marqueurs SNPs). Une fois ce jeu de données acquis pour chacune de ces deux espèces, l’analyse de la diversité génétique et de la structure des populations ainsi que les inférences démographiques seront réalisées. Cette étape permettra de délimiter d’éventuelles lignées génétiques chez chacune des deux espèces de palourdes et d’analyser la structure génétique à grande échelle, i.e. d’identifier les régions du génome pouvant montrer un signal de différenciation génétique corrélé à la distance géographique conforme à ce que l’on attend du fait du flux de gènes plus élevé entre des populations géographiquement proches vs. d’autres régions du génome pouvant regrouper des populations géographiquement éloignées mais occupant un même écotype, par exemple. Les données seront disponibles au début du stage.

Profil du candidat

Etudiant de Master 2 en bioinformatique ou en école d’ingénieur en génie biologique

Lieu et durée du stage

SEBIMER, équipe bio-informatique de l’IFREMER de Plouzané, 6 mois à compter de février 2024

Collaboration avec ASIM (Adaptation et Santé des Mollusques Marins) de l’IFREMER de La Tremblade