Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

RNAseq, repertoire lymphocytaire T humain et murin, lymphome

Description

Contexte : L’équipe NFL de l’Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB, INSERMU955), localisée à l’Hôpital Henri-Mondor, CRETEIL, est spécialisée dans l'étude des lymphomes non hodgkiniens. Cette équipe collabore de façon rapprochée avec les services de l’hôpital, et les équipes de recherche travaillant sur cette même thématique, membres de l’institut Carnot CALYM. Nous nous intéressons particulièrement à la recherche des facteurs biologiques (des cellules tumorales et de leur microenvironnement) qui expliquent la diversité du pronostic des patients, avec comme objectif l’implémentation rapide de ces facteurs dans la prise en charge diagnostique et thérapeutique des patients. Nous sommes à la recherche d'un bioinformaticien talentueux pour rejoindre notre équipe dynamique. Ce poste est un contrat à durée déterminée de 2 ans, renouvelables.

Responsabilités :

En tant que bioinformaticien au sein de notre équipe, vos responsabilités principales incluent :

1. Analyse de données de séquençage à haut débit : Traiter et analyser les données de séquençage d'expression de gène et de répertoire lymphocytaire à partir de diverses plateformes (RNA-seq, scRNA-seq, TCR/BCR-seq etc.).
2. Développement d'outils bioinformatiques : Concevoir, mettre en œuvre et optimiser des pipelines d'analyse bioinformatique pour l'analyse de données complexes, en utilisant des langages de programmation tels que Python, R, et des outils bioinformatiques courants.
3. Interprétation des résultats : Fournir une interprétation approfondie des résultats d'analyse, en identifiant des modèles biologiques pertinents et en contribuant à la compréhension des mécanismes sous-jacents aux lymphomes non hodgkiniens.
4. Collaboration : Travailler en étroite collaboration avec les chercheurs, les cliniciens et les autres membres de l'équipe pour comprendre les besoins de recherche, générer des hypothèses et présenter les résultats de manière claire.
5. Veille scientifique : Rester à jour sur les dernières avancées en bioinformatique et en oncologie, en intégrant les nouvelles méthodes et technologies dans vos analyses.

Qualifications :

• Expérience en analyse de données de séquençage à haut débit. Une experience en analyse de données RNA-seq ou de séquençage de répertoire lymphocytaire T est un plus.
• Maîtrise des langages de programmation courants tels que Python et R, ainsi que des outils bioinformatiques.
• Compétences en communication écrite et orale en français et en anglais.
• Capacité à travailler de manière autonome tout en collaborant efficacement au sein d'une équipe multidisciplinaire.
• Fort intérêt pour la recherche médicale et la compréhension des mécanismes biologiques.

Conditions de Travail :

• Contrat à durée déterminée (CDD) de 2 ans, renouvelable. Employeur : direction à la recherche clinique de l’APHP .
• Lieu de travail : Hôpital Henri-Mondor, 94000 Creteil, ligne metro 8.
• Salaire en fonction de l'expérience, sur une grille académique.
• Accès aux ressources de recherche de l'INSERM et de l'université.