Mots-Clés

génome séquence annotation génomique comparative évolution

Description

Environnement et contexte de travail : Le/la post-doctorant(e) exercera ses activités dans l'UMR 1095 GDEC (Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales) du Centre INRAE-Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes. L'UMR mène des recherches qui s'inscrivent dans un continuum thématique allant du fondamental, sur l'évolution du génome du blé, jusqu'aux recherches finalisées pour l'amélioration variétale, en passant par la biologie intégrative des caractères clés tels que la stabilité du rendement, la composition du grain et la résistance aux pathogènes fongiques. Il/elle s’intégrera dans l'équipe Génétique et Recombinaison (animée par P. Sourdille) et bénéficiera de l'environnement scientifique et technique de l'équipe BIOINFO (animée par F. Choulet) qui assure des missions transversales dans l'UMR.

Description du poste : Le blé est une espèce d'intérêt majeur pour l'alimentation humaine et un modèle d'étude de la dynamique des génomes complexes, de grande taille (15 Gb) et polyploïdes. Les recherches en génomique sur le blé sont donc essentielles pour, par exemple, mieux caractériser la diversité à l'échelle de l'espèce, comprendre le fonctionnement du génome, son évolution récente, etc. Mais le décryptage de la séquence de son génome et la caractérisation de l'ampleur de la variabilité structurale du pangénome de l'espèce nécessitent d'adapter les méthodologies bioinformatiques classiques à cette grande complexité. L’UMR GDEC a été pionnière, au niveau international, dans le domaine du séquençage du génome du blé et ouvre aujourd'hui la voie à la caractérisation du pangénome de l'espèce cultivée et des espèces sauvages apparentées. L'équipe GeCO développe des projets autour de la recombinaison méiotique chez cette espèce. Dans le cadre du projet ANR DeFI-Wheat, l'équipe prévoit le séquençage et l'assemblage du génome d'Aegilops ventricosa, une espèce sauvage dont une partie du génome a été introduite chez le blé par recombinaison homéologue pour apporter, notamment, des gènes de résistance à divers pathogènes fongiques. Le/la postdoc aura en charge l'assemblage de la séquence du génome d'Ae. ventricosa, son annotation, et la génomique comparative avec le génome du blé aux loci d’intérêt pour l’équipe. Les questions posées portent sur l’identification des polymorphismes de type variations structurales, l'impact des événements d'introgression sur l'expression des gènes et les marques épigénétiques.

Formation et compétences requises

- Doctorat en génomique/bioinformatique

- Bioinformatique des génomes : assemblage, annotation, génomique comparative

- Maîtrise avancée de Linux, Bash

- Calcul sur HPC avec ordonnanceur (SLURM)

- Rédaction de publications scientifiques

- Travail en interaction au sein d'une équipe de recherche, rigueur et organisation

- Transmission des savoir-faire techniques et méthodologiques

Publications récentes

- Danguy des Déserts et al. Evolution of recombination landscapes in diverging populations of bread wheat. Gen Biol Evol 2021. 13(8). https://doi.org/10.1093/gbe/evab152

- Darrier et al. Location and Identification on Chromosome 3B of Bread Wheat of Genes Affecting Chiasma Number. Plants. 2022. https://doi.org/10.3390/plants11172281

- Papon et al. All families of transposable elements were active in the recent wheat genome evolution and polyploidy had no impact on their activity. Plant Genome. 2023. https://doi.org/10.1002/tpg2.20347

- Aury et al. Long-read and chromosome-scale assembly of the hexaploid wheat genome achieves high resolution for research and breeding. Gigascience. 2022. https://doi.org/10.1093/gigascience/giac034