Mots-Clés
Interface graphique
API
Rstudio
spectrométrie de masse
Description
Description et objectifs
Lors d’une analyse non-ciblée par chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC-MS), l'identification des composés aromatiques est obtenue par comparaison des spectres de masse des composés inconnus à ceux d’une bibliothèque commerciale (NIST, Wiley, …). Cette comparaison n’étant pas suffisante pour s’assurer de la bonne identification des composés, l’utilisation des Indices de Rétention Linéaires (LRI) comme deuxième facteur d’identification est indispensable.
Afin d’automatiser ce processus très chronophage, le Plateau Technique d’analyse des composés Volatils (PTV) aimerait développer un outil capable d’une part, de gérer et enrichir la base de connaissance des données (LRI, données physico-chimiques et organoleptiques) et d’autre part exploiter cette base de connaissance pour le retraitement des données issues d’analyses non-ciblées par GC-MS.
Enfin, dans le cadre des différents projets de recherche menés au sein de l'UMR, nécessitant la réalisation de profils aromatiques, ces outils doivent pouvoir être exploités via une interface graphique utilisateur (GUI) ne nécessitant aucune compétence en programmation.
Dans ce contexte, les objectifs de ce stage de Master 2 sont :
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Valider le cahier des charges de l’application avec les membres du PTV et du bioinformaticien du laboratoire.
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Reprendre le développement des scripts en R exploitant l’API PubChem qui permettent d’enrichir la base de connaissance de référence nécessaire pour le retraitement.
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Proposer une solution pour gérer et versionner ces données de référence.
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Reprendre le développement de scripts en R réalisant une partie des analyses de retraitement des données issues de chromatographie en phase gazeuse.
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Générer un rapport d’analyse.
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Développer une interface graphique (par exemple une application Shiny), intégrant l’ensemble des développements précédents afin de les rendre accessibles à l’ensemble des utilisateurs du plateau.
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Mettre en place le déploiement de l’application sur le serveur local du laboratoire (par exemple en utilisant Docker).
Encadrement
Ce stage se déroulera au sein de l’Unité Mixte de Recherche Sciences Pour l’Oenologie (SPO, UMR 1083, INRAE, Université de Montpellier et Institut Agro Montpellier) sous l’encadrement de Valérie Nolleau, ingénieure d’étude, responsable du Plateau Technique d’analyse des composés Volatils (PTV) et de Hugo Devillers, ingénieur de recherche en bioinformatique dans l’équipe Adaptation, Diversité, Ecologie des Levures (ADEL).
Profil recherché
Étudiant(e) de Master 2 (bac+5) ou en dernière année d’école d'ingénieur. Une formation avec une forte dominante en bio-informatique et/ou en bio-analyse est souhaitée. Une bonne connaissance de R/Rstudio est fortement recommandée.
Période
6 mois à partir de Février 2024