Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

bacterie, pangenome, developpement

Description

Le Service Partagé d’Appui à l’Analyse de Données (SPAAD) est un service de bio-informatique, partagé entre les laboratoires de Santé Animale (LSAn) et de Sécurité Alimentaire (LSAl). Le service a vocation à collaborer avec les différentes unités des 2 laboratoires de Santé Animale et de Sécurité Alimentaire sur les sujets scientifiques incluant des problématiques d’analyses de données. Les missions du SPAAD sont les suivantes : - Développement d’outils et applications utiles à la communauté, - Aide à la gestion des données scientifiques - Support pour les questions de bioinformatique et de bioanalyse, - Formation du personnel ANSES L’équipe est actuellement composée de 3 agents, un apprenti et un doctorant.

Les deux laboratoires (LSAn et LSAl) sont porteurs de mandats de référence au niveau européen et français pour plusieurs agents pathogènes bactériens. Les épidémies causées par ces agents pathogènes sont actuellement investiguées grâce à des données de séquençage short read illumina, et via des analyses snp ou cgMLST, qui sont toutes basées sur le core génome, c’est-à-dire le génome commun à toutes les souches d’une espèce. Ces méthodes présentent un biais important puisqu’elles ne prennent pas en compte les événements de délétion ou d’insertion de gènes, ou encore les évènements de réarrangements pouvant avoir eu lieu au cours de l’épidémie. C’est pourquoi, nous souhaitons mettre à disposition des équipes une méthode basée sur le pangénome, qui permettrait d’inclure l’ensemble de ces évènements évolutifs. L’objectif de ce stage sera de tester plusieurs outils déjà existants sur un agent pathogène, Leptospira interrogans, dont le nombre de génomes dans les bases de données publiques est important (1107 génomes dans BigSDB), et dont les métadonnées sont accessibles.