Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Génomique, bactériocines, bioinformatique

Description

Description de l’entreprise

Acteur mondial de référence dans le domaine des levures et de la fermentation, Lesaffre conçoit, produit et apporte des solutions innovantes pour la panification, le goût & plaisir alimentaire, le bien-être & la santé et la biotechnologie. 

Groupe familial, né dans le Nord de la France en 1853, aujourd’hui multi-local et pluriculturel, Lesaffre s’engage à entreprendre avec confiance pour mieux nourrir et protéger la planète. 

Proche de ses clients et de ses partenaires, Lesaffre emploie 10 700 collaborateurs répartis dans près de 80 filiales implantées dans une cinquantaine de pays. 

Lesaffre réalise un chiffre d’affaires de 2,2 milliards d’euros dont plus de 40% dans les pays émergents. 

Contexte

Les bactériocines sont des groupes de peptides antimicrobiens produites par des bactéries qui présente une activité antimicrobienne contre des espèces proches de la souche productrice. Ses applications potentielles sont nombreuses, notamment dans les probiotiques.

Description du Stage 

Au sein de l’équipe Bioinformatique de l’activité BioData, vous contribuez l’identification et la caractérisation génomique des bactériocines présentes sur la collection de génome bactériens interne. Le candidat pourra s’appuyer sur des méthodes publiées reposant sur la comparaison de base de données et/ou des méthodes de machine learning.
Missions 

• Benchmarking de différents outils et BDD de détection de bactériocines
• Détection et caractérisation des bactériocines sur les souches bactériennes de Lesaffre
• Contribution au déploiement des outils bioinformatiques : images docker, processus Nextflow

 Profil

• Etudiant en Master 2 ou équivalent avec une spécialisation en bio-informatique
• Compétence en analyse de donnée génomique
• Connaissance en workflow génomique
• Autonome, rigoureux(se), réactif(ve) et êtes doté(e) de réelles capacités à travailler en équipe
• Bonne maîtrise de l’anglais (écrit et oral)