Mots-Clés
valorisation données
interface web
suivis Roselières
langage R
Description
Stagiaire niveau Master 2 F/H :
Valorisation des données collectées lors du suivi des roselières littorales méditerranéennes : mise à disposition d’une interface web d’analyse et de visualisation des données.
Stage réalisé dans le cadre du projet Roselières littorales méditerranéennes
• Type de contrat : Stage 6 mois
• Thématique : Bio-informatique
• Lieu : ADENA – Domaine du Grand Clavelet – Route de Sète – 34300 Agde
• Début du contrat : février/mars 2024
Contexte :
Né d’un besoin commun de mutualisation des données et d’harmonisation des méthodes de suivi, le projet Roselières littorales d’Occitanie (2019-22), porté par l’ADENA, a rassemblé de nombreux partenaires scientifiques et gestionnaires autour d’une stratégie de conservation à long terme des roselières sur le littoral de l’Occitanie.
Le volet 1 de ce projet a permis de réaliser (1) un état des lieux concernant le niveau de vulnérabilité et le potentiel d’accueil pour l’avifaune paludicole nicheuse de 50 % des roselières littorales d’Occitanie, (2) un guide technique avec un protocole de suivi « ROSELIERES » harmonisé, simple, efficace et reproductible pour évaluer le bon état de fonctionnement des roselières, (3) des supports de sensibilisation du grand public et des scolaires (exposition, vidéo, malle pédagogique), ainsi (4) qu’une évaluation des risques climatiques qui pèsent sur cet habitat.
Le projet Roselières littorales méditerranéennes (2022-2025) prend la suite de ce précédent projet avec la mission de pérenniser les suivis en faveur de la restauration et de la conservation à long terme de cet habitat vulnérable face au changement climatique. Le guide technique produit dans le premier projet permet la prise en main des mesures sur le terrain, mais ne permet pas l’analyse des données récoltées de façon autonome. La partie analyse reste de ce fait à partager avec les différents acteurs. Il est en effet important qu’elle soit accessible aux gestionnaires qui souhaitent connaitre et comprendre l’évolution de leur roselière avec ces outils. Ce volet 2 prévoit donc une part importante d’accompagnement des gestionnaires dans une phase opérationnelle, afin de prendre en main le guide technique et les outils ROSELIERES, du terrain à l’analyse des données, afin et de leur offrir une meilleure autonomie et un gain de temps.
C’est dans ce contexte que nous proposons un stage pour aller plus loin dans l’appropriation par les gestionnaires de la méthode d’analyse de ces données issues du protocole de suivi harmonisé, mais aussi dans la mise en valeur des données par une meilleure accessibilité des résultats.
L’objectif du stage est la création d’un outil accessible et efficace pour l’analyse et la visualisation en ligne des données issues du protocole de suivi harmonisé ROSELIERES.
Détails de l’offre :
Il existe aujourd’hui de nombreux exemples d’applications hébergées en ligne permettant de manipuler des données et réaliser des calculs sur des variables qui peuvent par exemple être fournies par les utilisateurs (fichiers de données ou informations saisies sur la page web directement). Ces outils permettent aussi d’afficher le résultat des calculs (des tableaux, des graphiques, etc.). Il s’agit d’application dites « shiny » dont le principe repose sur le fait de faire tourner sur le serveur des scripts codés en langage R (voir un exemple ici https://shiny.cefe.cnrs.fr/en_eolpop/).
Le stage a pour objectif la création d’une telle interface pour l’analyse en ligne des données issues du protocole de suivi ROSELIERES. Il sera co-encadré avec l’ADENA et le CEFE-CNRS (Montpellier) ; ce dernier a développé plusieurs applications de ce type ces dernières années.
Le stage s’organisera en plusieurs étapes :
• Synthèse bibliographique - Immersion dans le sujet
• Prise en main des données et des analyses conduites sur ces données
• Création du script pour l’interface à partir des scripts d’analyses déjà disponibles
• Test de l’interface et validation avec des utilisateurs tests (beta-testeurs)
• Partage, présentation de l’outil et contribution à des actions de communication présentant les résultats
• Rédaction d’un rapport d’étude
L’interface d’analyse en ligne des résultats, ainsi que le guide technique et tous les documents nécessaires à l’étude des roselières seront intégrés sur le site web du projet global Roselières littorales Méditerranéennes dans ce volet « professionnel » dédié aux gestionnaires.
Le stagiaire participera aux réunions d’échanges concernant l’accompagnement des gestionnaires dans une phase opérationnelle, dans la prise en main du guide technique et des outils ROSELIERES, pour l’étude de l’état de conservation des roselières et de leur suivi (du terrain à l’analyse des données).
Profil candidat/e :
• Formation BAC+5 en écologie ou bio-informatique
• Compétences (ou forte affinité) en programmation et langage R
• Des connaissances sur les méthodes d’analyses statistiques sont attendues (notamment analyses multivariées)
• Autonomie et sens de l’initiative
• Esprit d’organisation et de synthèse
• Capacités rédactionnelles
• Permis B requis
Condition de travail :
• Stage de 6 mois avec convention et indemnisation légale
• 35 heures/semaine
• Horaires adaptés en fonction du travail
• Frais de déplacement remboursés
• Pas de possibilité d’hébergement
• Le stage se déroulera dans les locaux de l’ADENA (Agde)
Candidatures (CV + lettre de motivation) sont à adresser au plus tard le 10 novembre 2023
par mail uniquement avec la mention « stage roselière »
à l’adresse contact@adena-bagnas.fr, à l’attention de Mme Marianne GABIROT