Mots-Clés
Génétique moléculaire, classification de variants, recommandations ACMG/AMP, MobiDetails
Description
Contexte :
Le diagnostic moléculaire des maladies rares chez l’homme implique de prioriser des variants candidats parmi un nombre important (car souvent issus d’analyses de séquençage haut-débit), mais aussi d’analyser finement ces quelques candidats identifiés chez un patient. MobiDetails est une application web développée au CHU de Montpellier, libre d’usage pour les utilisateurs académiques, qui permet l’accès à des ressources bioinformatiques expertes facilitant l’interprétation et la classification des variants d’ADN. Cette application reçoit en moyenne plus de 10 000 visites par mois de plus de 2 000 visiteurs différents. L’usage est bien installé en France, est croissant et se développe en Europe et dans le reste du monde.
La classification des variants d’ADN chez l’homme dans le domaine des maladies rares suit des recommandations américaines (AMP/ACMG) publiées en 2015 qui font actuellement consensus (Richards, et al., 2015). Ces recommandations sont basées sur divers critères dont certains peuvent être évalués de manière automatique. De plus, certains de ces critères peuvent être spécifiques de certains gènes ou groupes de gènes (critères gènes-spécifiques publiés par le consortium ClinGen (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi/)). Actuellement, MobiDetails propose à ses utilisateurs une pré-classification ACMG basée sur l’interrogation de l’API du logiciel Intervar. Cependant, cette configuration n’est pas optimale et par exemple ne tient pas compte des critères gènes-spécifiques. Nous souhaitons doter MobiDetails de son propre module de classification ACMG. L’objectif du stage sera d’implémenter ce module et de le rendre suffisamment adaptable pour pouvoir prendre en compte les critères gènes-spécifiques.
Le stagiaire devra s’imprégner des recommandations, définir les jeux de données pertinents et les solutions pour automatiser le calcul des scores associés aux critères de classification et réaliser l’implémentation en python/Flask du module, ainsi que la visualisation qui s’intègrera dans l’interface existante (https://mobidetails.iurc.montp.inserm.fr/MD/).
Le stage se déroulera au sein du laboratoire de génétique moléculaire, dans un environnement hospitalier pluridisciplinaire associant biologistes et ITA dont plusieurs bioinformaticiens.
Références :
- Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, Grody WW, Hegde M, Lyon E, Spector E, Voelkerding K, Rehm HL; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015 May;17(5):405-24. doi: 10.1038/gim.2015.30. Epub 2015 Mar 5. PMID: 25741868; PMCID: PMC4544753.
- Baux D, Van Goethem C, Ardouin O, Guignard T, Bergougnoux A, Koenig M, Roux AF. MobiDetails: online DNA variants interpretation. Eur J Hum Genet. 2021 Feb;29(2):356-360. doi: 10.1038/s41431-020-00755-z. Epub 2020 Nov 7. Erratum in: Eur J Hum Genet. 2020 Dec 10;: PMID: 33161418; PMCID: PMC7868358.
Compétences:
- Notions avancées de génétique moléculaire
- Environnement UNIX, git
- Programmation python (Flask)
- Jinja2, HTML, CSS, JS