Mots-Clés
métabolomique, modélisation statistique, visualisation, galaxy, R, python
Description
Réalisation d’un logiciel permettant de segmenter le métabolome en unités fonctionnelles et d’en faire une représentation graphique
La plateforme BIOMET a développé un système de modélisation statistique permettant de segmenter tous les aspects des régulations d’un système biologique et d’en faire des représentations graphiques et sous forme de réseaux. Ces aspects concernent le métabolome, mais aussi le transcriptome, possiblement le protéome et également le clinicome (ensemble des mesures biologiques cliniques).
Nous souhaitons développer un outil informatique (ou suite d’outils) capable de réaliser automatiquement tous les calculs de modélisations biologiques que nous effectuons actuellement de façon segmentée. Un module d’analyse de biomarqueurs multicritère (utilisant différentes sources de données) est aussi envisagé.
BIOMET maitrise tous les éléments du chainage analytique et statistique. Nous souhaitons recruter un stagiaire capable de programmer (python) et à l’aise avec l’utilisation des scripts R. Notre objectif est de produire un outil en accès libre pour la communauté et de publier l’outil qui sera développé et disponible en ligne.
Il serait compatible avec un environnement de type Galaxy (https://galaxyproject.org/) et s’intégrerait avec les formats de données utilisés et produits par la plateforme en ligne Workflow4Metabolomics.org (https://workflow4metabolomics.usegalaxy.fr/).
Nous recherchons une étudiante ou une étudiant en M2 (bio)informatique ou statistiques mais avec des compétences en programmation python et l’utilisation de R.
Stage localisé à Marseille, Plateforme de métabolomique et lipidomique BIOMET, 27 bvd Jean Moulin, fac médecine La Timone, 13385 Marseille