Ingénieur en bioinformatique (analyse de données de cellules uniques appliquée aux neurosciences)

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CDD · IR · 36 mois (renouvelable) Bac+5 / Master IGBMC, Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire · Strasbourg (France)

Date de prise de poste : 1 juin 2024

Mots-Clés

omics, RNAseq and sc-RNAseq, Ribosome profiling, tRNAs

Description

Nous recherchons un(e) ingénieur(e) en bioinformatique très motivé(e) et créatif(ve) pour rejoindre l'équipe "‘Mécanismes physiologiques et pathologiques du développement cortical" à l'Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC) à Illkirch, France. Le candidat retenu fera partie d'une équipe de recherche interdisciplinaire qui se concentre sur l'élucidation des mécanismes fondamentaux qui dictent l'acquisition du destin cellulaire et la maturation neuronale au cours de la corticogenèse chez les mammifères. Il/elle sera impliqué(e) dans un projet financé par l'ERC qui vise à comprendre comment l'amorçage transcriptionnel et la traduction, à travers la modulation de l'abondance et/ou de la modification de l'ARNt, contrôlent le destin neuronal et régulent ainsi la diversité neuronale. Il/elle développera des méthodes bioinformatiques et statistiques pour analyser, interpréter et intégrer les données omiques à haut débit nouvellement générées (scRNA-seq, Ribo-Seq). Il/elle travaillera de manière productive grâce à des interactions collaboratives avec divers membres de l'équipe.

Activités principales	· Analyser et d'interpréter les résultats d’un crible de perturbation génétique (scRNA-seq) in vivo (Perturb-Seq) · Intégrer les mesures d'abondance d'ARNt avec des mesures d'efficacité de la traduction · Aborder l'utilisation/l’optimalité des codons dans des contextes cellulaires ou pathologiques spécifiques.
Connaissances et Savoir-faire	Obligatoire : Solides compétences en codage à l'aide de R ou python et connaisance de bases dans les deux languages Expérience approfondie de l'analyse de données de séquençage transcriptomique Expérience dans le développement d'algorithmes ou de pipelines de séquençage transcriptomique (alignement, analyse de l'expression différentielle, etc…) Préférable : Expérience dans l'analyse de données de séquençage de cellules uniques Expérience en analyse de données obtenues avec la technologie 10X Genomics Expérience avec git et les lignes de commande basées sur Unix/Linux Expérience préalable en termes d'extraction d'informations biologiques à partir de données NGS et des principales bases de données bioinformatiques Expérience préalable de la mise en œuvre de bases de données et/ou de la création de logiciels (i.e. shiny apps) Connaissances / compétences en analyse biostatistique Intérêt pour les neurosciences/le développement neurologique
Aptitudes	Apprentissage rapide, esprit critique, attitude positive, fortes compétences en matière de résolution de problèmes et adaptabilité à de nouvelles données et questions. Excellentes aptitudes aux relations interpersonnelles et au travail en équipe Solides compétences en communication pour présenter des concepts informatiques et expliquer votre travail à un large éventail de publics. Excellentes compétences organisationnelles, motivation personnelle et créativité
Expérience(s) souhaité(s)	Nous étudierons les profils avec au moins une année d’expérience en analyse de données de séquençage NGS (cellules uniques ou transcriptomique) , la motivation et l’intérêt pour les thématiques seront des critères de selection majeurs.
Niveau de diplôme et formation(s)	Bac +5 ou Doctorat : diplôme spécialisé en biologie computationelle, bioinformatique, biostatistique ou domaine connexe

Candidature

Procédure : Envoyer CV et lettre de motivation et les noms et adresse mail de deux ou trois références à Juliette Godin (godin@igbmc.fr)

Date limite : 30 avril 2024

Contacts

Juliette Godin

goNOSPAMdin@igbmc.fr

Offre publiée le 19 janvier 2024, affichage jusqu'au 30 avril 2024