Mots-Clés
bioinformaticien
unix
python
SQL
gestion de données
Description
Limagrain est le leader mondial des semences potagères qui crée, produit et commercialise des semences à haute valeur ajoutée, contribuant à répondre aux enjeux alimentaires mondiaux dans un contexte d'accélération des défis climatiques, environnementaux et démographiques.
Limagrain appuie son développement et sa croissance sur la recherche & développement, en y investissant chaque année plus de 16 % de son chiffre d’affaires. Guidé par une vision à long terme de son développement, Vilmorin & Cie inscrit sa stratégie et sa performance dans le respect de valeurs partagées avec sa maison-mère et Actionnaire de référence, la coopérative agricole Limagrain : l’audace, le progrès, la persévérance et la coopération.
La sélection d’espèces cultivées bénéficie d’un accélérateur technologique exceptionnel grâce à la production et à l’analyse de données génomiques. L’enjeu réside dans la gestion, le traitement et l’analyse de très grandes quantités de données hétérogènes, pour lesquelles la structuration, l’interopérabilité et l’interrogation sont des étapes clés vers la compréhension de la complexité génétique.
Au sein de l’équipe « Bioinformatique et génomique », basée sur le plus large centre de recherche du groupe LIMAGRAIN, en contact avec une grande variété de chercheurs, vous apportez un soutien de manière transversale aux différentes sociétés du groupe (HMC, Hazera & Vilmorin-Mikado) dans un cadre international.
Missions
- Gestion des machines virtuelles LINUX hébergeant notre plateforme Galaxy, Wikimédia et de multiples outils bioinformatiques.
- Gestion des données, collecte, intégration des données génomiques et biologiques et des métadonnées associées. Assurer l’interopérabilité entre divers ensembles de données couvrant un large éventail d’espèces pour fournir aux utilisateurs un accès simple et fiable aux données.
- Participer à la gestion des ressources partagées à haute performances (HPC).
- Contribuer au processus de certification des outils avec notre communauté de développeurs (Tool Excellence Program)
- Mettre en œuvre l'automatisation de nos systèmes (Une expérience Ansible est un atout)
- Assurer l’interface avec les départements IT et IT scientifique
- Assurer le support, organiser et réaliser des formations aux utilisateurs
- Respecter la politique de cybersécurité et des différents politiques du groupe Limagrain.
Qualifications
- Master en Bioinformatique ou Informatique avec une expérience minimum de 2 ans dans le domaine
- Compétences avancées de la gestion de platform UNIX (expérience d’administration d’une plateforme GALAXY est un plus).
- Maitrise des langages Python et Bash (R est un plus)
- Expérience dans l’administration des bases de données SQL et NoSQL
- Habilité de diagnostiquer les éventuelles pannes ou anomalies et corriger rapidement les dysfonctionnements.
- Connaissances académiques en biologie moléculaire, génétique et génomique est un avantage
- Autonome, rigoureux, capacité à évoluer dans un contexte multiculturel et international. Esprit d'équipe, compétences en communication et capacité à faire face à des situations et défis divers.
- L’anglais est obligatoire (écrit et parlé) et le Français est un plus.