Mots-Clés

Gestion de données data manager imagerie microscopie

Description

Dans le cadre d’une collaboration entre son centre de calcul et ses laboratoires de biologie, l’École normale supérieure de Lyon recrute un data manager pour la mise en place d’un dépôt institutionnel de données d’imagerie scientifique.

Contexte :
Centre de recherche et d’enseignement au rayonnement international, l’École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon) remplit ses missions selon un axe stratégique : interdisciplinarité, innovation numérique et ouverture à la société. Ses différents laboratoires de biologie travaillent de longue date en collaboration avec la plate-forme d’imagerie et microscopie locale (PLATIM) et le mésocentre de calcul interne (Centre Blaise Pascal-Pôle scientifique de modélisation numérique, CBPsmn). Pour assurer le traitement et le stockage des données d’imagerie de ces laboratoires selon les meilleures pratiques actuelles, l’ENS de Lyon souhaite mettre en place un dépôt de données institutionnel, sous forme d’une instance OMERO ou équivalent.

Mission :
• Installer, gérer et administrer au CBPsmn un dépôt institutionnel de données de type image OMERO1 au service principal des laboratoires de biologie dont l’une des tutelles est l’ENS de Lyon.

• Interfacer ce système avec:
   i. Les plateformes expérimentales génératrices des données des laboratoires de Biologie de l’ENS de Lyon.
   ii. les plateformes mutualisées de calcul du CBPsmn pour l’analyse de données,
   iii. des clients OMERO installés sous Debian dans le système de démarrage en réseau SIDUS2 du CBPsmn pour des stations de travail et l’accès cloud@CBP à distance,
   iv. des clients OMERO installés sur les postes individuels de travail des chercheurs.

• Assurer la cohérence, la qualité et la sécurité de la chaîne de traitement de données dans le but d’assurer la qualité, la disponibilité et la valorisation des données scientifiques.

• En lien avec les informaticiens et bioinformaticiens des unités, développer et mettre en œuvre une culture commune des bonnes pratiques en matière de gestion des données produites au sein des unités, et produites par des tiers.

Activités principales :
• Intégrer dans les environnements de test et de production les solutions logicielles choisies et en assurer le déploiement,
• Mettre en œuvre les logiciels de gestion de bases de données (back-end), en assurer l'adaptation, l'administration et la maintenance,
• Prendre en compte les problématiques de sécurité des données (autorisations d’accès, mise en place de sauvegardes),
• Référencer et documenter les composants liés à l'infrastructure, aux logiciels et leurs liens avec la couche applicative,
• Opérer le diagnostic des incidents signalés,
• Garantir la livraison des services,
• Contribuer à implémenter les processus d’analyse et de publication des données,
• Conseiller et former aux techniques et outils développés :
   - Bonnes pratiques de gestion des données,
   - Aide à la rédaction (création de template et formation) d’un Plan de Gestion des Données pour chaque projet de recherche et dans la mise en place des actions pour aboutir à une gestion « FAIR » des données (recommandations en termes de standardisation du format des données, documentation des données, etc.),
   - Conseil pour l’utilisation des infrastructures adéquates pour le stockage et le partage des données parmi les services disponibles.

Évolution possible :
Ce poste pourrait être pérennisé. La personne nouvellement recrutée serait dans ce cas amenée à moyen terme à évoluer vers une position d’administrateur-trice de bases de données / de sytèmes / intégrateur d'applications. Sa mission serait alors de gérer et administrer les systèmes de gestion de données du CBPsmn pour les données issues des laboratoires de Biologie ayant pour tutelle (non exclusive) l’ENS de Lyon.