Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

génomique génétique phénomique NoSQL data discovery java web services sémantique python

Description

Contexte

Vous travaillerez au sein de l'Unité de Recherche en Génomique-Info (URGI, https://urgi.versailles.inrae.fr/) sur les sites INRAE de Versailles ou de Toulouse. Cette unité de recherche en bioinformatique d’une vingtaine de personnes développe des outils et des connaissances en lien avec deux grands thèmes, « Fédérations de données » et «Evolution des génomes en lien avec les éléments transposables et les virus endogènes ». L’équipe Fédération de données recherche un ingénieur en développement d’applications web, en contrat CDD pour 12 mois renouvelable. L’équipe utilise les méthodes agiles.

Missions

Vous contribuerez au  développement du portail de données FAIDARE (https://urgi.versailles.inrae.fr/faidare/ ). Il s’agit d’un portail de recherche indexant 33 sources de données internationales. Il repose sur une architecture modulaire avec une application de recherche (https://forgemia.inra.fr/urgi-is/data-discovery) et une de présentation des résultats et des web services (https://forgemia.inra.fr/urgi-is/faidare). Il utilise les technologies Spring, Angular, Thymeleaf , Elasticsearch et offre un accès aux données via des web services implémentant la BrAPI (www.brapi.org).  Enfin, l’indexation et les flux de données ETL (Extract Transform Load) sont écrits en python (https://github.com/elixir-europe/plant-brapi-etl-faidare) avec quelques outils bash. La maintenance est assurée par trois ingénieurs et un prestataire de service. Notre infrastructure repose sur des environnement virtualisés dans lesquels nous déployons nos VM NoSQL, Applicatives ou ETL qui communiquent entre elles. La méthodologie de développement s'inspire des méthodes agiles et repose sur l'utilisation intensive d'une forge logicielle (gitlab) pour mettre en œuvre de l'intégration continue et du travail collaboratif. 

La personne recrutée devra participer à l’implémentation de nouvelles fonctionnalités en particulier au niveau du backend (Spring, Elasticsearch, python). Des contributions au niveau de la couche angular pourront être envisagées. La première mission sera d’assurer la mise en place de la version 2 de la BrAPI. Elle devra aussi bien participer au développement qu’au suivi du projet, en contribuant à toutes les couches applicatives et à leur interopérabilité. Une interaction avec certains partenaires externes pourrai être demandée.

Compétences nécessaires

• Bonnes capacités relationnelles, goût pour le travail en équipe. La curiosité n’est pas un défaut.
• Maîtrise de l’environnement Linux.
• Compétences en développement dans un langage objet (Java, Python, Ruby, …).
• Connaissances en bases de données relationnelles (SQL).
• Connaissance des technologies web (Angular, Web services, formats JSON).
• Curiosité pour les données scientifiques.
• Maîtrise de l’anglais technique du domaine.

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  Compétences optionnelles (Formation durant le contrat)

• Une expérience de la pratique d’un IDE (Visual Studio Code, IntelliJ IDEA).
• Une expérience en NoSQL orienté document (Elasticsearch, MongoDB).
• Langages de script et workflow (bash, …).
• Expérience de travail sur plusieurs serveurs en réseaux (ssh).