Mots-Clés

Génomique, Ecologie évolutive, Bioinformatique

Description

Dans le cadre du projet ERC Starting Grant DOPAMICS, nous proposons un sujet de thèse portant sur la génomique évolutive des palmiers d’Amazonie dans les paysages forestiers de Guyane.

Les palmiers (Arecaceae) sont une des familles les plus abondantes dans les inventaires forestiers d’Amazonie ainsi qu’une ressource essentielle pour les sociétés humaines depuis les temps précolombiens. Financé par le Conseil Européen de la Recherche (ERC), le projet DOPAMICS questionne la façon dont adaptation climatique et domestication ancienne ont influencé l’histoire microévolutive des palmiers d’Amazonie et façonné la diversité des paysages forestiers. DOPAMICS s’intéresse pour cela à des sites précolombiens emblématiques de Guyane française : les "montagnes couronnées". Le projet s’appuie une méthodologie interdisciplinaire à l’interface entre sciences du vivant, sciences humaines et sciences des données pour évaluer l’impact des sociétés précolombiennes sur la diversité et l’évolution de cinq espèces de palmiers.

Au sein du WP3, le sujet de thèse proposé aura pour objectif de retracer l’histoire microévolutive des palmiers au cours de l’Holocène par des approches « omiques ». Ce sujet s’appuiera sur des données génomiques issues d’une vaste expérimentation de capture d’exons , et sur des données métabolomiques acquises par chromatographie en phase gazeuse-spectrométrie de masse.

Sous la direction de Louise Brousseau, coordinatrice du projet DOPAMICS, IRD, et de Mathieu Chouteau, HDR, CNRS, vous rejoindrez l’équipe-projet DOPAMICS de l’UMR AMAP et l’équipe EEBA de l’UAR LEEISA à Cayenne (Guyane française). Vous aurez pour mission de :

• Implémenter des pipelines d’analyse bioinformatique automatisés de traitement des données
• Analyser les données génomiques de l’assemblage à la détection de SNPs/génotypage
• Analyser les profils métabolomiques et recouvrer les voies métaboliques sous-jacentes
• Conduire les analyses de génomique des populations (structure spatiale, démographie, flux de gènes, tests de sélection) et de génomique d’association (GWAs)
• Réaliser les analyses statistiques avec le logiciel R
• Rédiger les articles scientifiques correspondants
• Participer à la dissémination des résultats lors de conférences internationales et auprès de la société en Guyane.
• Participer aux expérimentations de laboratoire sur plateau(x) technique(s).
• Participer à des missions occasionnelles de terrain.