Mots-Clés

bioinformatique structurale science des données

Description

Chers collegues,
Voici une offre de these dans le domaine de la bioinformatique structurale et
de la science des donnees.
Cordialement,
Therese Malliavin
Laboratoire de Physique et Chimie Théoriques
Université de Lorraine

(english version below)

Analyse de l'espace des conformations pour les protéines intrinsèquement désordonnées

Cette thèse est financée par l'Initiative Lorraine Université d'Excellence (LUE),
et se déroulera à l'Université de Lorraine, sous la direction de Thérèse Malliavin
(therese.malliavin@univ-lorraine.fr), en collaboration avec Jérôme Idier (Laboratoire
des Sciences du Numeriques de Nantes, jerome.idier@ls2n.fr) et Jung-Hsin Lin
(Academia Sinica, jhlin@gate.sinica.edu.tw). Le financement est acquis.

Le projet de thèse vise à développer des approches numériques pour améliorer l'analyse
de l'espace conformationnel de protéines intrinsèquement désordonnées. Ces approches
seront développées dans le cadre d'une méthode d'énumération discrète de conformations
de protéines l'approche Interval Branch-and-Prune (iBP), développée par Thérèse Malliavin
à l'Université de Lorraine. Des méthodes issues de la théorie du transport optimal,
basées sur l'utilisation de la distance de Wasserstein, seront appliquées pour concevoir
une approche de clustering pour décrire l'espace conformationnel. Les approches numériques
développées seront testées sur deux protéines désordonnées étudiées expérimentalement à
Academia Sinica, Taiwan.

Profil recherche:
Étudiant de niveau Master ou équivalent, avec une bonne formation en science des données.
De bonnes compétences en programmation sont recherchés avec un fort intérêt pour les
applications à des systèmes biologiques.
Le doctorant devra effectuer deux séjours de 6 mois à Taiwan pour développer la collaboration
dans le cadre du programme pilote TIGP-X, initié en 2023 par Academia Sinica, et qui fournira
les financements permettant la prise en charge du voyage et du séjour.

********************* english version ********************
Analysis of conformation manifolds for intrinsically disordered proteins

This thesis is funded by the Lorraine University of Excellence Initiative (LUE),
and will take place at the University of Lorraine, under the direction of Thérèse Malliavin
(therese.malliavin@univ-lorraine.fr), in collaboration with Jérôme Idier (Laboratory
of Digital Sciences of Nantes, jerome.idier@ls2n.fr) and Jung-Hsin Lin
(Academia Sinica, jhlin@gate.sinica.edu.tw). Funding is secured.

Searched profile:
Master-completed student or equivalent, with a good background in data science. Good
programming skills are required with a strong interest for applications to biological systems.
The PhD student is expected to make two stays of 6 months to Taiwan for developing the
collaboration in the frame of the TIGP-X Pilot program, initiated in 2023 by Academia Sinica,
and which will provide financial support for the travel and the stay.

Scientific Description:
The PhD project intends to propose numerical approaches for improving the analysis of
the conformational space of intrinsically disordered proteins. These approaches will be
developed in the frame of a discrete method for enumerating protein conformations,
the interval Branch-and-Prune (iBP) approach, developed by Thérèse Malliavin at the
University of Lorraine. Methods coming from the optimal transport theory, based on the
use of Wasserstein distance, will be applied to design a clustering approach for
describing the conformational space. The developed numerical approaches will be tested on
two flexible and disordered proteins experimentally studied at Academia Sinica, Taiwan.