Mots-Clés
NGS,infectiologie,séquençage,omique,laboratoire,biologie,moléculaire,unix,pyhton,OAR
Description
Les Hospices civils de Lyon recherche activement un bio-informaticien au sein de sa plateforme de génomique à visée diagnostique et épidémiologique des maladies infectieuses (genEPII) qui est intégrée à l'institut des Agents Infectieux (IAI) et qui regroupe les activités de Virologie, Bactériologie et Parasitologie-Mycologie. A cela, s’ajoutent 4 Centres Nationaux de Référence (CNR) de Bactériologie et de Virologie. Les CNR réalisent des analyses spécialisées afin de répondre aux missions d’expertise et de conseils qui lui sont confiées par Santé Publique France. En lien avec les CNR, la plateforme genEPII est en charge de la caractérisation génomique de différents pathogènes dont le SARS-CoV-2, les virus de la grippe, les Légionelles et les Staphylocoques. La plateforme, située sur le site de l'hôpital de la Croix-Rousse, regroupe une équipe motivée et dynamique, constituée de techniciens, ingénieurs, bioinformaticiens et de biologistes. Elle est équipée avec les technologies de séquençage les plus innovantes actuellement.
MISSIONS :
- Etre référent de l’équipe sur des projets variés allant du séquençage de routine aux approches omiques au sens large.
- Aider à la gestion des demandes venant des différentes équipes du laboratoire.
- De manière autonome, évaluer, choisir, adapter et implémenter les méthodes d’analyses répondant aux besoins biologiques.
- Pouvoir participer à la gestion des pipelines d’analyse sous une forme souple, facilement maintenable et produisant des résultats reproductibles (Nextflow, Singularity).
-Adapter/modifier les pipelines développés en interne en fonction des nouveaux besoins.
- Communiquer avec la Cellule Bio-informatique des HCL et la Direction des systèmes d’information pour assurer l’harmonisation des pratiques et la gestion du parc de serveurs de calculs.
- Assurer le flux des données sur la plateforme, du séquençage au stockage durable.
QUALIFICATIONS :
Etre titulaire d'un diplôme en bioinformatique (Master 2 ou diplôme d'ingénieur ou thèse)
- Expérience d’analyse des données de NGS. Une expérience dans le cadre de l’infectiologie serait souhaitable
- Expérience de réponse aux besoins des non-initiés à la bio-informatique.
- Expérience de travail dans un laboratoire de biologie moléculaire au sens large.
COMPETENCES :
- Connaissances des bases d'Unix et des langages de programmation utilisés couramment en biologie (R, Python).
- Connaissances théoriques et pratiques des outils de biologie moléculaire.
- Formation en infectiologie en sus de la formation bio-informatique valorisée.
- Connaissance des environnements de calcul scientifique et d’un ordonnanceur (OAR, SLURM…) appréciée.
- Connaissance des bases de données publiques de génétique (RefSeq, Ensembl…) appréciée.
SAVOIR-ETRE :
- Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles.
- Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe.
- Bonne maîtrise de l’anglais scientifique et technique.
- Aptitudes à la rédaction de méthodes et d’articles scientifiques (français et anglais).
CONDITIONS :
- Poste à 100%, sur la base de 7h48/ jour (+20 min de repas)
- 20 RTT (journée de solidarité à déduire) et 28 CA /an.
- Horaires adaptés à l’organisation du travail.
- Possibilité de jours de télétravail après 6 mois en poste.
- Prise en charge de 75% de l'abonnement de transport en commun et Comité d'Entreprise
Contrat de 3 mois pour débuter puis renouvelable