Mots-Clés

Single-cell CRISPR screen Repertoire immun BCR lymphome integration multi-omique

Description

Nous recherchons un(e) ingénieur(e) en bioinformatique motivé(e) et créatif(ve) pour rejoindre l'équipe de Sandrine Roulland "Pathogénèse et Thérapie ciblée des néoplasies lymphoïdes" au Centre d’Immunologie de Marseille Luminy (Marseille, Campus de Luminy, Parc National des Calanques). Notre équipe étudie les mécanismes moléculaires contribuant au développement des hémopathies lymphoïdes et l’identification de nouvelles vulnérabilités thérapeutiques dans ces cancers. Nos projets utilisent la génomique fonctionnelle pour étudier ces hémopathies en s’appuyant sur des modèles murins innovants in vivo et des échantillons primaires de patients issus de larges collections clinico-biologiques, l’utilisation de technologies d’analyse multimodale à l’échelle de la cellule unique (scRNA-seq), d’approches de criblage CRISPR/Cas9 pangénomique et de l’analyse des gènes candidats par des approches fonctionnelles de type Perturb-seq (crible CRISPR combiné au scRNA-seq).

Nous recherchons des candidats ayant une expérience validée de la programmation bio-informatique et de l’analyse de données génomiques haut-débit notamment à l’échelle de la cellule unique. Le/La candidat-e travaillera dans une équipe de recherche pluridisciplinaire composée de biologistes, de cliniciens et de bioinformaticiens et sera hébergé au sein de la plateforme Computational Biology, Biostatistics & Modeling du CIML afin de bénéficier d’un réseau de bio-informaticiens experts en analyse de données multimodales. Les domaines d’intérêt sur lequel le/la candidat(e) sera amener à travailler sont les suivants :

• Plasticité et évolution des cellules tumorales lors des étapes de progression à la maladie et sous la pression de traitements immunomodulateurs dans un modèle préclinique innovant de lymphome
• Transcriptomique unicellulaire pour étudier l'hétérogénéité transcriptionnelle dans les cellules tumorales et les cellules immunitaires dans les lymphomes humains
• Génomique fonctionnelle et approches de criblage CRISPR/Cas9 pour identifier les dépendances oncogéniques et les mécanismes de réponse aux thérapies ciblées
• Analyse de données de Perturb-seq pour mieux comprendre l’impact de gènes candidats identifiés par crible CRISPR    

ACTIVITÉS PRINCIPALES

• Soutenir les projets de recherche selon les besoins, notamment en gérant de grandes quantités de données génomiques générés sur des modèles animaux et échantillons humains, en exécutant des pipelines et en effectuant des analyses sur un large éventail de types de données multi-omiques (Criblage CRISPR, scRNA-seq, CITE-seq) et des répertoires immuns (BCR/TCR) à l’echelle bulk et unicellulaire.
• Développer, améliorer et maintenir les pipelines bioinformatiques existants et implémnenter des outils nouveaux d’intégration de données omiques multiples.
• Implémenter des pipelines d’analyse des données CRISPR combinés au single-cell
• Collaborer et consulter les chercheurs de l’équipe et de la plateforme sur l’analyse et l’interprétation des résultats
• Rédaction de rapports scientifiques, Communiquer ses résultats en réunions d’équipes et aux collaborateurs et participation aux conférences/réunions avec les partenaires
• Assurer une veille de la littérature sur analyses intégratives multi-omiques

EXPÉRIENCE(S) ET CONNAISSANCE(S) SOUHAITÉE(S)

• Excellente maitrise de la programmation en R pour l'analyse de données biologiques
• Maîtrise de logiciels requis pour l’analyse de données génomiques (CellRanger, STAR, Trinity), immunogénomiques (IgBlast, IMGT), et Single-cell (Seurat).
• Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.
• Compréhension pratique des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles (ACP, t-SNE, UMAP, pseudo-time, apprentissage statistique, etc.)
• Des connaissances en analyse de données multi-omiques seraient un plus

APTITUDES

• Capacités organisationnelles, de rigueur et d’adaptabilité : être capable de travailler avec précision tout en respectant des délais dans un environnement où les priorités scientifiques peuvent évoluer
• Le candidat doit faire preuve d'un grand esprit d'équipe et être capable de travailler dans un environnement d'équipe dynamique et multidisciplinaire
• Excellentes capacités d'analyse et de résolution de problèmes. Capacité à prendre des initiatives, à relever des défis et à élaborer des solutions créatives.
• Bonne communication avec les biologistes expérimentaux, intérêt pour les questions biologiques et les aspects méthodologiques de l'analyse de données
• Maîtrise avérée de la présentation écrite et orale de résultats et de méthodes
• Excellentes aptitudes à la communication avec des personnes de différents univers et compétences (biologistes expérimentaux, bioinformaticiens, cliniciens, étudiants..
• Intégrité et Respect de la confidentialité