Mots-Clés

Transcriptomic sRNA lncRNA Alternative Splicing

Description

Type de contrat : CDD

• Corps : Ingénieur d’étude (IE)
• Date d’entrée en fonction : Juin 2024
• Durée : 12 mois renouvelable

MISSION ET ACTIVITES

L’équipe d’accueil : L’ingénieur·e d’étude travaillera au sein de l’équipe REGARN (ARN Régulateurs) à l’IPS2 (Institut Des Sciences des Plantes Paris Saclay) sur le campus de l’Université Paris Saclay

Projet de recherche : Notre groupe s’intéresse aux rôles des ARN non codant (si/miRNA et lncRNA) dans le contrôle de l’expression des gènes et à l’impact de ces régulations dans sur les réponses des plantes aux changements de l’environnement. Nous abordons ces questions grâce à plusieurs modèles biologiques incluant, la plante modèle Arabidopsis, la tomate et les symbioses racinaires entre la légumineuse Medicago truncatula et les bactéries du sol du genre rhizobium.

Dans ce cadre, nous utilisons un ensemble de méthodes de séquençage à haut débit qui visent à comprendre les régulations de l’expression des gènes à des niveaux multiples de régulation, de l’organisation de la chromatine (ChIP-seq, ATAC-seq) à la synthèse des ARN (sRNA-seq, mRNA-seq, NET-seq) et des protéines (Ribo-seq).

L’ingénieur·e d’étude travaillera en support de plusieurs projets de recherche menés par notre équipe. Précisément, il/elle aura en charge de mettre au point et d’utiliser des pipelines pour l’analyse de donnés de séquençage d’ARN de différentes nature. Cela inclura l’analyse des petits ARN non codant (sRNA-seq, Degradome) et du transcriptome par long et short read (Annotation du transcriptome, analyse d’expression différentielle et d’épissage alternatif). Le/la candidat-e mènera ses travaux en étroite collaboration avec la composante bio-informatique et modélisation de l’équipe (2 CR, 1 DR).

Compétences recherchées

• Formation: Niveau Bac+5 (Master ou équivalent)
• Connaissances de bases en biologie (biologie moléculaire et cellulaire, génomique et génétique)
• Connaissance des principales méthodes bioinformatiques d’analyse de données (en particulier de données omiques, RNAseq, single-cell RNAseq, long-read sequencing, …)
• Compétences requises en programmation (R, Bash, Python) et en analyse biostatistique
• Maîtrise de l’anglais scientifique.
• Être organisé et savoir travailler seul et en équipe
• Savoir communiquer sur des résultats de recherche
• Interagir avec des profils variés (biologistes, bioinformaticiens, biostatisticiens)
• Expérience préalable en termes d'extraction d'informations biologiques à partir de données NGS et des principales bases de données bioinformatiques

MODALITES POUR POSTULER

Transmettre une lettre de motivation, un CV et le contact d’un ou plusieurs encadrants (de stage en particulier) à Jérémie Bazin et/ou Thomas Blein

Email : jeremie.bazin@inrae.fr  / thomas.blein@cnrs.fr

N’hésitez pas à nous contacter pour toute demande d’informations complémentaires.

Type of contract : CDD

• Ingénieur d’étude (IE)
• Starting date: Juin 2024
• Duration : 12 mois renouvelable

Missions and duties

Host Team: The Research Engineer will work within the REGARN team (Regulatory RNAs) at IPS2 (Institute of Plant Sciences Paris Saclay) on the campus of the University Paris Saclay.

Research Project: Our group focuses on the roles of non-coding RNAs (si/miRNA and lncRNA) in gene expression control and the impact of these regulations on plant responses to environmental changes. We address these questions using several biological models including the model plant Arabidopsis, tomato, and root symbioses between the legume Medicago truncatula and soil bacteria of the genus rhizobium. In this context, we use a set of high-throughput sequencing methods aimed at understanding gene expression regulations at multiple levels of regulation, from chromatin organization (ChIP-seq, ATAC-seq) to RNA synthesis (sRNA-seq, mRNA-seq, NET-seq) and proteins (Ribo-seq).

The Research Engineer will work in support of several research projects conducted by our team. Specifically, he/she will be responsible for developing and using pipelines for analyzing sequencing data of various kinds of RNA. This will include the analysis of small non-coding RNAs (sRNA-seq, Degradome) and transcriptome by long and short read (Transcriptome annotation, analysis of differential expression, and alternative splicing). The candidate will conduct his/her work in close collaboration with the bioinformatics and modeling component of the team (2 CR, 1 DR).

Required Skills:

• Education: Bac+5 level (Master's degree or equivalent)
• Basic knowledge in biology (molecular and cellular biology, genomics, and genetics)
• Understanding of the main bioinformatics methods for data analysis (particularly omics data, RNAseq, single-cell RNAseq, long-read sequencing, etc.)
• Programming skills required (R, Bash, Python) and biostatistical analysis
• Proficiency in scientific English.
• Organization skills and ability to work independently and in a team
• Ability to communicate research results Interaction with various profiles (biologists, bioinformaticians, biostatisticians)
• Previous experience in extracting biological information from NGS data and major bioinformatics databases

How to Apply:

Send a cover letter, a CV, and contact information for one or more supervisors (especially for internships) to Jérémie Bazin and/or Thomas Blein Email: jeremie.bazin@inrae.fr / thomas.blein@cnrs.fr Feel free to contact us for any further information requests.