Mots-Clés

Bioinformatique, NGS, génomique, développement pipeline, virologie, parasitologie, bactériologie

Description

Présentation du CHU :
Le CHU de Rouen Normandie assure à la fois une mission de soins de proximité au bénéfice de 600 000 habitants, dans une logique de réseau de soins et une fonction de recours sur un bassin de population de l’ordre de 2 millions d’habitants en tant que 1er établissement de santé en Normandie. Il travaille en articulation étroite avec les nombreux acteurs du système de santé et médico-social ainsi qu’avec l’université, les collectivités territoriales et les partenaires économiques de la Région.
Composé de 7 sites dont 2 industriels (blanchisserie et production de repas), il offre 2 450 lits et places. Avec 10 500 salariés il assure une mission d’entraînement régional considérable, tant dans le domaine des soins que dans celui de l’enseignement et de la recherche. Son budget d’exploitation s’élève à 760 millions d’euros en 2020. Il est organisé en 14 pôles dont 10 pôles d’activités cliniques, 3 pôles d’activités médicotechniques et un pôle de santé publique.

Etablissement support du GHT « Rouen, cœur de Seine », qui regroupe 9 établissements, le CHU de Rouen s’articule avec les autres GHT de la région et avec le CHU de Caen pour développer des complémentarités dans une approche territoriale des soins, de
l’enseignement et de la recherche sur l’ensemble de la Normandie.

Depuis le 1er mars 2021, le CHU est en direction commune avec le CH du Belvédère situé à Mont-Saint-Aignan.

Présentation du pôle et du secteur de travail :
Le pôle B2P (Biologie, Pathologie, Physiologie) est constitué de 13 laboratoires, 2 services d’exploration fonctionnelle, 3 unités de prélèvements et 1 unité de métrologie. Ces diverses activités sont réalisées sur plusieurs sites géographiques : bâtiment de l’IBC, pavillon Derocque, pavillon Delarue au sein de l’hôpital Charles Nicolle et dans les locaux de la faculté de médecine et de pharmacie ; une structure est située en délocalisé sur le site de l’hôpital St Julien.
Le poste à pourvoir se situe au sein de la fédération de microbiologie, localisée sur les 3èmes et 4èmes étages de l’institut de Biologie Clinique (pavillon IBC – site Ch. Nicolle). Cette fédération est constituée de 4 laboratoires (bactériologie, hygiène hospitalière, parasitologie/mycologie, et virologie) ; elle comprend également 2 Centres Nationaux de Référence (Cryptosporidioses, microsporidies et Protozooses digestives et VIH) et est adossée aux unités de recherche UMR1311 Inserm DYNAMICURE et EA7510 ESCAPE).

La personne recrutée travaillera dans le secteur fédératif de séquençage microbiologique, impliquant les laboratoires de bactériologie, hygiène hospitalière, parasitologie/mycologie et virologie.

Missions permanentes :
- Assurer l’analyse des données générées par les activités de séquençage haut débit (Next-Generation Sequencing, NGS) pour l’ensemble des services de microbiologie (bactériologie, virologie, parasitologie/mycologie, hygiène hospitalière) et développer les pipelines relatifs
- Assurer la mise en place et la gestion des projets bio-informatiques
- Développer et maintenir les applications bio-informatiques
- Assurer les interactions interservices

Missions spécifiques :
- Assurer l’analyse bio-informatique des données brutes et transfert des résultats
- Analyser les runs de séquençage NGS
- Participer aux développements bio-informatiques translationnels
- Participer aux différentes réunions en lien avec l’activité
- Suivre la veille bibliographique bio-informatique et microbiologique
- Fournir une expertise informatique et technique