Mots-Clés

Génomique Transcriptomique scRNA-seq python développement cell communication

Description

Contexte:
L’étude de la communication cellule-cellule (CCC) à partir de données de séquençage single cell RNA-seq est une analyse de plus en plus utilisée pour mettre en évidence des possibles voies de signalisation entre cellules.
Ces méthodes reposent sur l’analyse de l’expression de gènes exprimés par les cellules communicantes (ligand-récepteur), enrichi également d’informations tiers (dimension spatiale, seuils d’expression...).
Elles sont particulièrement intéressante dans le domaine de la cancérologie pour étudier l’influence du micro-environnement tumoral.
Un premier prototype d’un outil pour inférer la communication cellulaire a été développé (en python) et utilisé au sein de notre plateforme.
Dans le but d’améliorer cet outil, nous recherchons un(e) étudiant(e) en bioinformatique pour effectuer un stage de 6 à 8 semaines dans notre équipe.

Objectifs du stage:
- Prise en main de l’outil
- Ajout d’une fonctionnalité d’enrichissement de résultats provenant d’autres outils
- Adaptation de l’outil à des données de transcriptomique spatiale
- Documentation du code

Compétences attendues:
- Connaissances du langage de programmation Python
- Connaissances en analyse de données de séquençage et en particulier scRNA-seq
- Intérêt pour la biologie
- Être force de proposition, curieux(e) et autonome dans la réalisation des tâches