Mots-Clés

Phylogénomique Biologie structurale Modélisation Analyse topologique des données

Description

Missions

Ce recrutement s’inscrit dans le cadre du projet ThermAdapt financé (https://anr.fr/Projet-ANR-22-CE02-0027), qui étudie le processus de thermoadaptation des protéomes procaryotes et sa dynamique par une approche combinant phylogénomique, biologie structurale, biochimie, modélisation et analyse topologique des données.

La personne recrutée aura pour mission le développement des outils d’analyse ainsi que la maintenance des bases de données associées au projet.

Activités

Tâches principales :
- Développement d’outils d’analyse pour la prédiction de températures optimales de croissance à partir des séquences et des structures protéiques, la détermination des propriétés topologiques des structures des protéines et la modélisation des processus de thermoadaptation
– Maintenance de la base de données RiboDB – Support bioinformatique aux équipes partenaires du projet.
Tâches secondaires :
Développement d’une interface pour la base de données RiboDB pour permettre son accès à l’ensemble des utilisateurs.

Compétences requises

Formation en (Bio)Informatique ;
Bonne maîtrise du langage de programmation Python - Avoir un intérêt pour l’apprentissage d’autres langages (e.g. Julia) ;
Connaissances en biologie structurale, génomique comparée et phylogénie moléculaire ;
Intérêt fort pour l’étude des mécanismes d’évolution du vivant ;
Anglais : Niveau B2 minimum ;
Des compétences en Machine Learning sera un plus.

Contexte de travail
La personne sera recrutée par le Laboratoire de Biométrie et Biologie Moléculaire sur le Campus LyonTech-La Doua à Lyon. Elle sera affectée à l’équipe « Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive » du département « GECO - Génomique Computationnelle et Évolutive ».
Dans le cadre du projet, la personne sera amenée à interagir avec l’ensemble des partenaires du projet, au sein du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (LBBE), avec l’Institut Camille Jordan (Lyon), l’Institut de Biologie Structurale (Grenoble) et le Laboratoire Microbiologie, Adaptation, Pathogénie (Lyon).
Elle participera aux réunions semestrielles du projet.