Mots-Clés

base graphes neo4j légumineuses recherche translationnelle nextflow

Description

Environnement de travail, missions et activités

• Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe génétique et génomique des Espèces Cibles Protéagineux de l’UMR 1347 Agroécologie à Dijon et vos missions s’inscriront dans le cadre du projet européen BELIS «Breeding European Legumes for Increased Sustainability». L’équipe ECP est une équipe de recherche pluridisciplinaire qui est spécialisée dans l’étude des légumineuses à graines. Elle développe des ressources génétiques et génomiques chez le pois, la féverole et la lentille et s’investit dans l’amélioration variétale de ces espèces. Elle mène ses activités de recherche et de pre-breeding en collaboration avec un réseau d’acteurs à l’échelle nationale et internationale.
• Vous serez plus particulièrement impliqué(e) dans la gestion d’une base de connaissance de type graphe Neo4J dédiée à la recherche translationnelle chez les légumineuses, OrthoLegKB. La base de données OrthoLegKB a fait l’objet d’une publication dans Frontiers in Artificial Intelligence en 2023 et de nombreuses données génétiques et -omiques issues de 5 espèces de légumineuses à graines et de la légumineuse modèle Medicago truncatula ont été intégrées. Vous serez amené(e) à interagir avec le réseau du projet BELIS afin de poursuivre la collecte, la curation et l’intégration de données et également d’introduire de nouvelles espèces de légumineuses à graines et fourragères. Vous veillerez sur le bon fonctionnement de la base et gérerez les mises à jour de celle-ci ainsi que des pipelines d’insertion (nextflow, python). Enfin, vous interrogerez la base pour répondre à des questions scientifiques et vous développerez de nouveaux modules pour enrichir le schéma actuel et pour répondre aux besoins émergents du consortium du projet.

Vous serez accueilli(e) au sein d’une équipe de recherche pluridisciplinaire et vous travaillerez en étroite collaboration avec des chercheurs et des sélectionneurs impliqués dans l’amélioration des légumineuses à graines et fourragères. Vous devrez faire preuve d’une forte motivation pour la gestion de base de données et la recherche translationnelle et posséder des connaissances solides en bioinformatique et en gestion de codes.

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Master 2 avec expérience professionnelle ou doctorat en bioinformatique ou en génétique et amélioration des plantes.
• Connaissances souhaitées en génétique, en analyse de données -omiques, en modélisation et en biostatistiques. Une forte appétence pour du codage en python est souhaitée ainsi qu’une maitrise de nextFlow.
• Expérience appréciée en gestion de base de données et en particulier en base de données graphe.
• Aptitudes recherchées : maitrise de l’anglais écrit et parlé, capacité à analyser de grands jeux de données, autonomie, rigueur, aptitude à communiquer et à discuter ses résultats, aptitude à travailler en équipe et en réseau.