Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

séquençage génome assemblage annotation génomique

Description

Site

L’activité s’exercera au sein de l’Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2), localisé sur le campus de l’Université Paris-Saclay à Gif-sur-Yvette (91). L’IPS2, Unité Mixte de Recherche, se compose de 5 tutelles (INRAE, CNRS et les universités Paris-Saclay, Evry UEVE et Paris Cité) et a pour vocation de regrouper l’essentiel des recherches en Biologie Végétale du Campus Paris-Saclay. 180 chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et adjoints techniques y travaillent en se concentrant sur l’analyse de la croissance et du développement de plantes modèles et sur le transfert de cette recherche vers les espèces cultivées, l’agriculture et les innovations. Les études portent sur les mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent la croissance de la plante et leurs régulations par les signaux endogènes et exogènes d’origine biotique (bactéries et champignons) et abiotique (stress hydrique, nutriments ou autres). L’analyse de ces mécanismes est effectuée de manière intégrée dès la cellule, l’organe jusqu’à la plante entière.

Site web: https://ips2.u-psud.fr

Poste et Missions

De nombreux gènes de résistances aux maladies sont encore à identifier et caractériser chez le haricot commun (Phaseolus vulgaris). Les équipes GDYNPATH (IPS2) et GEvAD et GQMS (IDEEV) se sont associées pour construire un pangénome de haricot puis rechercher de nouveaux gènes de résistance par des approches de génétique quantitative. A ces fins, une cinquantaine de génomes complets de haricot doivent être assemblés et annotés. L’ingénieur.e travaillera en lien avec les plateformes de production de séquences et de bioinformatique pour analyser et assembler les lectures PacBio HiFi en cours de production. Une fois les génomes assemblés, l’ingénieur procédera à une évaluation de la qualité des génomes produits puis procédera à l’annotation structurale des séquences. La prédiction de gène se fera en utilisant comme support des séquences d’ARNm et des logiciels spécifiques pour la découverte des gènes NLR et RLP/K. La fonction des modèles de gène sera enfin prédite à l’aide d’InterProScan et EggNogg.

Activités

• Contrôle qualité et validation des données de séquençage
• Assemblage et contrôle qualité des séquences de génomes obtenus
• Prédiction des modèles de gène et recherche des gènes de résistance aux maladies (NLR ; RLP/K)
• Annotation fonctionnelle des modèles de gènes
• Formatage et documentation des séquences et annotation obtenus en vue de leur diffusion dans les dépôts de données internationaux.

Compétences recherchées

• Formation : Niveau Bac+5 (Master ou équivalent)
• Connaissances de base en biologie (biologie moléculaire et cellulaire, génomique et génétique)
• Connaissance des principales méthodes bioinformatiques d’analyse de données de séquençage (en particulier de données génomiques, DNAseq, long-read sequencing, assemblage …), d’assemblage et d’annotation de séquences biologiques.
• Compétences requises en programmation (Bash, Python) et en analyse biostatistique (R)

Le recrutement se fera via l’INRAE et vous pourrez bénéficier :

• Du remboursement à 75% du Pass Navigo
• Du remboursement de votre mutuelle jusqu’à 15€ mensuels
• De 30 jours de congés + 15 RTT par an
• D’un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs
• De dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle
• D’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux
• De prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel
• D’activités sportives et culturelles
• D’une restauration collective sur le site de l’université Paris-Saclay