Mots-Clés

génomique pangénomique polymorphisme bioinformatique

Description

Missions

De nombreux gènes de résistance aux maladies sont encore à identifier et caractériser chez le haricot commun (Phaseolus vulgaris). Les équipes GDYNPATH (IPS2) et GEvAD et GQMS (IDEEV) se sont associées pour construire un pangénome de haricot puis rechercher de nouveaux gènes de résistance par des approches de génétique quantitative. A ces fins, une cinquantaine de génomes complets de haricot seront assemblés et annotés.

A partir de ces données, plusieurs approches de construction de pangénomes seront conduites (pangénome de gènes, graphes, graphes partiels) avec l’objectif d’une part d’inventorier le plus complètement possible les gènes du haricot et leurs variations, notamment les gènes de résistance aux maladies et d’autre part de produire une ressource pour le génotypage pan-génomique chez le haricot. Ces travaux utiliseront dans un premier les pipelines existants, qui pourront dans un deuxième temps être adaptés pour mieux prendre en compte les gènes de résistance aux maladies qui appartiennent à des familles de gènes très conservés. La personne recrutée collaborera avec les chercheur.es du projet en charge des approches de génétique quantitative et sera intégrée à un groupe national d’échange et de veille rassemblant des chercheur.es et ingénieur.es en pangénomique.

Activités

• Veille scientifique en pangénomique (méthodologie, analyses évolutive, génomique comparée)
• Construction de pangénome géniques et de graphes
• Evaluation que la qualité des pangénomes produits
• Analyse du contenu des pangénomes (analyses fonctionnelles et évolutives)
• Formatage et documentation des pangénomes en vue de leur partage avec la communauté

Compétences recherchées

• Formation : Niveau Bac+8 (Doctorat, Grandes Ecoles)
• Connaissances en génomique (assemblage de génomes, manipulation des données de génomique, utilisation de k-mer), en analyse de séquences biologiques (comparaison de séquences, clustering de séquences) et biostatistiques
• Compétences requises en programmation (Bash, Python ou Perl) et en analyse biostatistique (R)
• Compétences en anglais : lu, écrit, parlé (= savoir se faire comprendre).

Prise de fonction envisagée au 01/06/2024 (négociable)

Rémunération selon niveau de formation et expérience professionnelle antérieure, estimée entre 2.600 euros et 3.000 euros brut

Le recrutement se fera via l’INRAE et vous pourrez bénéficier :

• Du remboursement à 75% du Pass Navigo
• Du remboursement de votre mutuelle jusqu’à 15€ mensuels
• De 30 jours de congés + 15 RTT par an
• D’un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs
• De dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle
• D’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux
• De prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel
• D’activités sportives et culturelles
• D’une restauration collective sur le site de l’université Paris-Saclay