Mots-Clés

génomique phylogénie virologie développement d'outils

Description

CONTEXTE DE TRAVAIL, RATTACHEMENT HIERARCHIQUE

Implanté à Madagascar depuis 1898, l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est un établissement scientifique privé malagasy à but non lucratif reconnu d’utilité publique dont le fonctionnement est régi, depuis 1961, par une convention qui lie l’Institut Pasteur à Paris et l’Etat Malgache. L’IPM est membre du Pasteur Network, réseau de 33 instituts établis sur les cinq continents.

L’IPM a pour mission de contribuer à la prévention et au traitement des maladies et au développement économique par des activités de recherche, de formation et de santé publique. L’IPM travaille en étroite collaboration avec les services de l’Etat Malgache et est un partenaire de longue date de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) qui lui confie de nombreux mandats de référence nationaux et régionaux. L’IPM a un effectif de plus de 600 personnels et comprend 10 unités de recherche, deux laboratoires de service (Centre de biologie clinique ouvert 7/7 et 24/24, un laboratoire hygiène des aliments et de l’environnement), un centre de traitement antirabique, un centre de vaccination internationale et un service médical.

L’Unité de Virologie est impliquée dans des activités de surveillance, de recherche et de formation. L’unité est composée de plusieurs laboratoires partageant la même plateforme : le laboratoire national de référence (LNR) pour la poliomyélite, le LNR rougeole-rubéole, le centre national de référence (CNR) pour la grippe, tous trois reconnus par l’OMS, le LNR pour la rage et le LNR pour les arbovirus. Elle est par ailleurs impliquée dans des projets de recherche ayant une approche « Une seule santé » visant à étudier et mieux comprendre l’impact de l’anthropisation des terres de Madagascar sur l’émergence de maladies infectieuses.

MISSIONS ET TACHES

Afin de développer ses activités en génomique, l’unité de virologie cherche à recruter un(e) ingénieur(e) de recherche en bioinformatique. Cette offre d'emploi vise à accroître la capacité de l’unité à mieux suivre les virus endémiques et à répondre aux futures épidémies virales. Les données

génomiques étant générées à un rythme sans précédent, l’unité doit développer des outils informatiques et des workflows permettant le suivi des pathogènes et de leur évolution ainsi que la caractérisation de nouveaux pathogènes/variants.

Il s'agira pour le(la) candidat(e) retenu(e) de développer et de maintenir des workflows capables : i) d'identifier les agents pathogènes à partir de données de séquençage à haut débit ciblées et non ciblées, provenant des technologies Illumina et Oxford Nanopore, ii) de suivre leur évolution (phylogénétique) et iii) de surveiller l'émergence de mutations d’intérêt et d'événements évolutifs spécifiques. Il(elle) assurera le traitement des données générées en lien avec les biologistes de l’unité. Il(elle) assurera une veille de la littérature scientifique, évaluera les outils publiés, afin d'identifier et d'améliorer, si nécessaire, les outils bioinformatiques pour aider à automatiser les workflows pour diverses tâches d'analyse de routine. Il(elle) assurera la formation d’autres membres de l’unité à l’utilisation des outils de bio-informatique développés. Il(elle) participera à la rédaction des articles scientifiques et à des conférences.

PROFIL DU/DE LA CANDIDAT(E)

Le(la) candidat(e) devra être titulaire d'un doctorat ou d'un diplôme équivalent dans un domaine pertinent (bioinformatique, biologie informatique, etc.). Il(elle) devra avoir une expérience de programmation, de préférence dans le domaine de la génomique et de l'analyse des données de séquençage de nouvelle génération et devra avoir une bonne connaissance des packages de bioinformatique couramment utilisés. Une bonne connaissance des méthodes de bioinformatique évolutive est requise. En particulier, l'analyse de séquences, l'alignement et la reconstruction phylogénétique. Il(elle) devra être familier(ère) des méthodes bayésiennes (Mr Bayes, BEAST). Le(la) candidat(e) devra être capable de travailler au sein d’une équipe multidisciplinaire, être organisé(e), rigoureux(se), avoir le sens des responsabilités ainsi qu’une bonne capacité de communication et d’excellentes qualités relationnelles.