Mots-Clés

Evolution, neurobiologie moléculaire

Description

Mission :

Dans le cadre d’un laboratoire de recherche en neuroscience moléculaire, l’ingénieur contribuera à un projet visant à décrypter l’évolution d'une classe de récepteurs synaptiques -iGluRs- chez les Eucaryotes (voir ‘contexte scientifique’ ci-dessous pour plus de détail.) Le projet impliquera de combiner des méthodes classiques de phylogénie avec des approches alternatives à mettre au point (synténie, épissage, autre…) en lien avec des laboratoires de bio-informatiques locaux et de biologie marine. L’objectif est d’aboutir à une classification de cette famille de récepteurs au moins pour les Métazoaires ; une information importante pour l'étude de l’évolution moléculaire du système nerveux.

Activités principales :

• Utilisation, combinaison et développement d’outils d’analyse évolutive
• Etablissement, cross-validation et publication d’une classification des iGluRs
• Interaction avec la plateforme bio-informatique et les collaborateurs.

Activités autres :

• Approches exploratoires autour d’outils de classification alternatifs
• Veille technologique.
• Soutien bio-informatique occasionnel équipe et collaborateurs.
• Travail en collaboration, vie d’équipe et d’institut.
• Participation encadrement, diffusion scientifique et animation de réseau.

Compétences attendues:

Nous recherchons un-e candidat-e présentant des compétences techniques bioinformatiques, à la fois polyvalentes et spécialisées :

• Compétences en analyses bioinformatiques évolutives et en classification (phylogénie…)
• Compétences de programmation (python, R).
• Des connaissances dans les domaines de l’épissage, de la synténie et/ou de la biologie structurale seraient un plus.

Profil recherché :

Vous avez au moins 6 mois d’expérience (stage) en bioinformatique. Vous êtes rigoureux-ses, d’une large curiosité scientifique (évolution moléculaire, neurobiologie, biologie marine…) et prêt-es à explorer de nouvelles approches. Vous êtes motivé-es pour rejoindre une équipe active et multidisciplinaire, mêlant approches expérimentales et bioinformatiques.

Contexte d’équipe et conditions de travail:

La.le candidat-e rejoindra l’équipe de Pierre Paoletti au sein de l’institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure - IBENS. L’équipe de 10-15 personnes, dispose d’une renommée internationale dans le champ des neurosciences moléculaires, en particulier dans l’étude de la fonction et la pharmacologie des récepteurs au glutamate (iGluRs). Elle s’appuie sur le développement d’une approche multi-échelle efficace de l’ingénierie des protéines à la physiologie synaptique. Les méthodologies classiquement employées au laboratoire comprennent une importante partie expérimentale : des tests fonctionnels pharmacologiques, de l’électrophysiologie cellulaire et de développement d’outils optopharmacologiques (et d’autres), mais celles-ci s’appuient régulièrement sur des modèles et prédictions in silico (modèles moléculaires, analyses de données structurales, docking, phylogénie…).

Le laboratoire est pleinement financé et impliqué dans un réseau de collaborateurs locaux, nationaux et internationaux. L’IBENS est un institut internationalement reconnu dédié à la recherche fondamentale en biologie : neuroscience, génomique, évolution, écologie, développement et des plateformes technologiques de haut niveau. Situé dans le centre de Paris, l’IBENS offre un environnement de travail dynamique et accueillant.

Contexte scientifique:

Les récepteurs ionotropiques du glutamate (iGluRs) sont des acteurs clefs de la transmission synaptique dans le système nerveux central (CNS) des vertébrés. Les gènes d’iGluRs sont aussi largement présents dans le règne vivant, mais leur rôle chez les espèces non-vertébrées reste très mal connu, en particulier chez les organismes aneuraux. Les travaux physiologiques de notre équipe (et d’autres) ont récemment révélé l’importance d’un nouveau type de signalisation neurale iGluR-dépendante, dont la signature phylogénétique apparait très ancienne chez les Métazoaires (*). Cette découverte interroge son rôle, et celui des iGluRs qui la porte dans l’émergence et évolution du système nerveux. Dans ce cadre,  l’Ingénieur contribuera à décrypter le scénario d’évolution des iGluRs, en s’intéressant en particulier à la transition entre les systèmes neuraux et aneuraux il y a 600 Millions d’années. Il s’agira de combiner des bases de données et adapter les outils d’analyse, afin de clarifier la classification et l’évolution de ces récepteurs - en interaction avec les collègues de l’équipe et avec des collaborateurs en bioinformatique et biologie marine. Ce travail devrait aboutir à une publication spécifique et nourrir les recherches en cours dans l’équipe autour des relations entre évolution des récepteurs iGluRs et fonctionnement du système nerveux.

(*) Stroebel et Paoletti. (2021) Journal of Physiology ; Stroebel et al. (2021) Neuropharmacology.

Démarrage du poste :

La date de prise de fonction peut s'étaler entre début juillet 2024 et septembre 2024 en fonction des possibilités des candidats.