Mots-Clés

omique multi-omique bioinformatique machine learning génomique épigénomique schizophrénie

Description

Mission principale

L’ingénieur-e biologiste développera le traitement de données issues des analyses pangénomiques, transcriptomiques, épigénétiques, protéomiques dans le domaine des Neurosciences et de la Psychiatrie. L’objectif est de mettre en relation les résultats de ces analyses « omiques » avec des données biologiques et/ou cliniques. L’ingénieur-e aura en charge une mission de service, comprenant de la bio-analyse et des développements informatiques, au sein de la nouvelle plateforme d’Analyse Bioinformatique de l’IPNP (https://ipnp.paris5.inserm.fr/) en collaboration avec l'ensemble des équipes de recherche en biologie et en clinique.

Activités principales

• Analyser et formaliser les besoins des utilisateurs en lien avec l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), PRAIRIE et le GHU-Paris.

• Proposer des solutions d’analyse adaptées aux biologistes et intégrer les logiciels les plus pertinents.

• Gérer les flux de données et leur stockage et accessibilité.

• Organiser et réaliser le recueil et la collecte des données brutes, le contrôle qualité et la préparation pour l’analyse.

• Analyser les données omiques (analyse du génome, du méthylome, du transcriptome y compris les analyses statistiques) et accompagner les chercheurs dans leur interprétation biologique.

• Rédiger et publier en ligne des tutoriels pour l’utilisation des logiciels bioinformatiques.

• Transmettre son savoir-faire et indiquer les formations ou les tutoriels adaptés.

• Assister les utilisateurs dans leur utilisation de l'environnement d'analyse bioinformatique.

• Assurer la veille scientifique, méthodologique et technologique en informatique et bioinformatique de la plate-forme.

• Assurer le suivi des mises à jour logicielles et des banques de données.

• Participer au déploiement et à la maintenance de l'infrastructure logicielle de la plateforme : serveurs web, machines virtuelles, utilisation des ressources « cloud ».

• Réaliser la présentation graphique des données.

• Valider et diffuser les résultats et les réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales, enseignement.

• Animer des actions de formation et d’enseignement sous l’égide des organismes de tutelle.

• Animer des réseaux professionnels d’échange de savoirs et de savoir-faire.

• Participer à la démarche qualité sur la plateforme.

Connaissances

• Bonnes notions de génétique moléculaire (ADN, ARN).

• Connaissances approfondies sur les méthodes d'analyse et de traitement des données.

• Connaissances en programmation Linux, Python, SQL et R.

• Des connaissances en neurosciences seraient un plus

• Capacité d’écoute et disponibilité auprès des utilisateurs.

Savoir-faire

• Double compétence en informatique et en biologie

• Maîtriser les outils statistiques utilisés pour ce type d’analyse.

• Bon niveau d’expression et de compréhension écrite et orale en anglais (utilisateurs anglophones).

• Coordonner et planifier les différentes phases d’une analyse « omique », depuis les données brutes, jusqu’à la signification biologique.

• Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats.

• Adapter ou concevoir, exécuter et évaluer des scripts de traitements (workflows).

• Capacité à mener des actions de formation et à suivre la montée en compétences des personnels de l’institut.

• Travailler en interaction étroite avec des biologistes et cliniciens et avec des informaticiens, notamment avec l’IFB.

• Récupérer, installer et lancer les outils bioinformatiques. Evaluer leur adéquation au traitement souhaité.

Aptitudes

• Capacité d’écoute et disponibilité auprès des utilisateurs. Comprendre leurs besoins pour proposer les outils et traitements adaptés aux analyses qu’ils souhaitent effectuer.

• Rigueur, organisation, autonomie

• Être ouvert, réactif, évolutif

• Faire preuve d'une grande adaptabilité, dans un contexte de travail multi-métiers /multi-
équipes.

• Implication et prise d’initiatives

• Aptitude à communiquer dans un environnement scientifique

• Confidentialité.

Expérience(s) souhaité(s)

• Expérience d'interaction avec des biologistes dans des projets d’analyses de données.

• Expérience dans le développement informatique en équipe.

• Une expérience en traitement des données épigénétiques (microARN, méthylation sur puce Infinium ou séquençage) et en séquençage Nanopore serait appréciée.

• Une expérience dans l'encadrement des étudiants est fortement appréciée et sera un grand avantage.