Mots-Clés

métagénomique, génomique des populations, abeilles, Varroa, traçabilité des produits alimentaires, service de pollinisation

Description

[ENGLISH BELOW]

Bonjour à toutes et tous,

Nous disposons d'un financement de thèse (3 ans) à l'INRAE de Toulouse-Occitanie. La thèse vise à positionner la génomique et la métagénomique des produits de la ruche (miel, cire, etc) comme un nouvel outil permettant à la fois d'améliorer la traçabilité des produits de la ruche et de surveiller la santé des colonies contre le varroa. Cela sera rendu possible en (i) réalisant une analyse métagénomique à partir d’une grande diversité d’échantillons de produits de la ruche, en particulier de miels et de cires, d’origines diverses (ii) déployant une approche de génomique des populations adaptée à l’analyse conjointe des ADNs des abeilles présents dans des échantillons de produits de la ruche et de données génomiques de référence (le laboratoire disposant de données particulièrement massives, >1200 génomes), (iii) faisant une preuve de concept de l’utilité de ces approches pour la caractérisation taxonomique des populations d’abeilles, iv) étudiant l’intérêt des lectures du parasite varroa pour le suivi de la dynamique d’infestation à varroa des colonies, (v) étudiant l’apport des lectures végétales dans l’amélioration de la traçabilité des produits de la ruche. La thèse pourrait en outre offrir au doctorant ou à la doctorante d’autres possibilités, notamment celle d’étudier des échantillons historiques de cires pluricentenaires issues de musées, et de les comparer à des échantillons contemporains.

L’étudiant doit disposer d’un master dans un des champs thématiques suivants: biologie évolutive, génomique, génétique des populations ou bioinformatique. Une expérience en ADN environnemental, dont barcoding ou métagénomique, serait un plus mais n'est pas exigé. Le ou la doctorante recherchée devra disposer d’un goût prononcé pour l’analyse de gros jeux de données génétiques. Les étudiants présentant une curiosité scientifique forte, un bon relationnel ainsi qu’une aisance de communication sont particulièrement encouragés à postuler.

[ENGLISH]

We are offering a 3-year PhD position for a project at the interface between population genomics and metagenomics at INRAE Toulouse, France (Southwest France). The thesis aims to position genomics and metagenomics of hive products as a new tool for both improving traceability of the hive products and monitoring colony health against the varroa mite. More specifically, the PhD student will (i) conduct a metagenomic analysis of samples from hive products, especially honey and wax, (ii) deploy a population genomics approach for bees tailored to the joint analysis of samples with the massive data available in the laboratory, (iii) demonstrate the utility of these approaches for taxonomic placement of honeybees from different samples of honey and wax with known and unknown origins, (iv) investigate the significance of varroa parasite reads for monitoring infestation dynamics, (v) explore the contribution of plant reads in tracing hive products.

The student must have a master's degree in one of the following thematic fields: evolutionary biology, genomics, population genetics, bioinformatics. Experience or knowledge in environmental DNA, including barcoding or metagenomics, would be a plus but is not required. The candidate should have a strong interest in the analysis of large genetic datasets. Students with a strong scientific curiosity, good interpersonal skills, and effective communication abilities are particularly encouraged to apply.

To apply, please send an email before May, 15th to both Thibault Leroy (thibault.leroy@inrae.fr) and Kamila Tabet (kamila.tabet@inrae.fr) with a CV and a cover letter.