Mots-Clés

cancer microbiome RNAseq spatial transcriptomics analyse d'images

Description

Le Centre de recherche de l’Institut Curie

L'Institut Curie est un acteur majeur de la recherche et de la lutte contre le cancer. Il est constitué d'un hôpital et d'un Centre de recherche de plus de 1000 collaborateurs avec une forte représentativité internationale.

L’objectif du Centre de recherche de l’institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d’utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic, la thérapeutique des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l’innovation au service du malade.

Laboratoires d’accueil

Equipe Stress et Cancer - Directeur : Fatima Mechta-Grigoriou

https://curie.fr/equipe/mechta-grigoriou

Equipe Computational Biology – Directeur : Hervé Isambert

http://kinefold.curie.fr/isambertlab/

 

Projet financé par la Commission européenne, dans le cadre du programme Horizon Europe, Mission Cancer 2023.

Titre : Évaluation du rôle du microbiote intratumoral dans les réponses thérapeutiques à l'aide de tumeurs sur puce dérivées de patients

Acronyme : ARTURO

La résistance aux thérapies est un défi majeur en oncologie. Des recherches récentes suggèrent que le microbiote intratumoral peut contribuer à la résistance aux médicaments anticancéreux, en particulier aux immunothérapies. Cependant, il n'existe pas d'approches expérimentales pour étudier le rôle du microbiote dans les cancers humains. Le projet ARTURO s'attaquera à ce problème en utilisant un modèle innovant des tumeurs sur puce (tumor on chip, ToC) en 3D, dans le cadre du domaine émergent des systèmes microphysiologiques (MPS). Le rôle des bactéries dérivées des patients, de leurs postbiotiques et des vésicules extracellulaires libérées, dans les comportements de l'écosystème tumoral et les réponses aux médicaments, sera décrypté en intégrant les données cliniques, l'analyse omique et de nouvelles informations basées sur les ToC (par imagerie et transcriptomique). Le développement de méthodes informatiques avancées pour extraire les informations basées sur la ToC constitue une force et une innovation majeures dans le domaine, avec un fort potentiel pour accélérer les applications futures de la technologie ToC en clinique. L'accent sera mis sur deux sous-types fréquents de cancer mal compris : le cancer du poumon non à petites cellules (NSCLC) et le cancer du sein lobulaire invasif (ILC).

Ce projet interdisciplinaire et international (France, Italie, Portugal), coordonné par Maria Carla Parrini, sera développé en collaboration entre l'Institut Curie, l'Institut Pierre-Gilles de Gennes pour la microfluidique, l'hôpital Bichat à Paris, l'Universidade Catolica Portuguesa à Porto, l'Université de TorVergata à Rome et l'Université Humanitas à Milan. 

Nos récentes publications pertinentes

1. Assessing personalized responses to anti-PD-1 treatment using patient-derived lung tumor-on-chip. Veith et al, Cell Rep Med 2024, preprint. doi: 10.1016/j.xcrm.2024.101549

2. CausalXtract: a flexible pipeline to extract causal effects from live-cell time-lapse imaging data. Simon et al, eLife 2024, preprint. doi: 10.1101/2024.02.06.579177

3. Deciphering the spatial landscape and plasticity of immunosuppressive fibroblasts in breast cancer. Croizer et al, Nat Commun 2024 Apr 1;15(1):2806. doi: 10.1038/s41467-024-47068-z.

Formation et compétences 

Nous recherchons un bioinformaticien au niveau pré-doctoral ou post-doctoral avec :

- un intérêt marqué pour l'analyse de données biologiques hétérogènes complexes

- une expérience préalable dans l'analyse de données de séquençage (RNA-Seq de bulk, single-cell et/ou spatial transcriptomic)

- une compétence dans le traitement de données -omiques à nombre de dimensions élevé

- maîtrise de langages de haut niveau tels que Python ou R et des bonnes pratiques de codage

- des compétences en analyse d'images (ce serait un plus).

- Le développement d'un projet de doctorat sur le sujet est une possibilité ouverte.

Aptitudes requises

Autonomie, capacité organisationnelle, esprit d’équipe, adaptabilité à la multidisciplinarité, anglais courant.