Mots-Clés
développement logiciel
maintenance outils bioinformatique
Description
Emploi-type: Ingénieur en ingénierie logicielle
Corps: IE – Ingénieur d'études
BAP: E – Ingénieur en ingénierie logicielle
Spécialité: Ingénierie logicielle
RIFSEEP (régime indemnitaire fonctionnaire) : Fonction : Déploiement bases de données Groupe : 1, Domaine : ingénierie logicielle
Affectation: Unité 1090- Théories et Approches de la Complexité Génomique (TAGC), MARSEILLE
A propos de la Structure
Le TAGC est un laboratoire de recherche scientifique en biologie et bio-informatique. Ces chercheurs et ingénieurs produisent régulièrement de nouvelles méthodes, des ressources et de nouveaux outils de biologie computationnelle à destination de la communauté́ scientifique dont plusieurs de renommée internationale. Ces outils peuvent prendre la forme de sites web, de bases de données ou de logiciels. La maintenance des outils et des ressources, leur mise à jour régulière, leur documentation et leur diffusion sont nécessaires pour assurer et maintenir leur bon usage. Le poste demandé implique une relation directe avec les chercheurs et une intégration aux projets concernant les méthodes et outils en développement. Ceci requiert des qualités d’organisation, de communication, de pédagogie.
Missions
La personne recrutée aura pour mission d’assurer le développement, la mise en œuvre et à la diffusion des nouveaux outils bio-informatiques et bases de données, développés avec les chercheurs du laboratoire. Elle assurera leur maintenance et leur mise à jour, ainsi que celle des outils déjà existants (base de données, site web). Plusieurs d’entre eux étant interfacés et cross- référencés par des bases de données internationales, ils nécessitent de ce fait des mises à jour régulières (e.g., https://remap.univ-amu.fr/, http://moondb.hb.univ-amu.fr/).
Activités principales
- Développer, organiser et structurer des bases de données «omiques», des outils web et des logiciels en lien avec les chercheurs
- Maintenir les outils bio-informatiques et les bases de données, précédemment développés dans le laboratoire
- Mettre à jour les données biologiques que les bases de données contiennent
- Mettre en place des pratiques « FAIR » (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) aux projets de bio-informatique
- Communiquer des résultats lors des réunions internes, rédiger et mettre à jour la documentation associée aux outils et bases de données développés.
Activités associées
- Co-encadrer des stagiaires.
Connaissances
- Maîtrise des langages de programmation Python, Bash ou R et autres outils de bio- informatiques
- Maîtrise d'outils dédiés au développement de pipelines (Snakemake)
- Maîtrise des outils de traitement NGS
- Une connaissance des environnements web basés sur des modèles MVC (ex : Django)
- Capacité de développer des application web basées sur R Shiny.
- Savoir travailler dans un environnement interdisciplinaire (biologique, génomique,
informatique)
- Anglais lu, écrit et parlé, niveau B2.
Savoir-faire
- Assurer une veille méthodologique
- Identifier, analyser et comprendre les besoins Communication, organisation, pédagogie.
Aptitudes
- Communiquer par oral et par écrit de manière claire Identifier, analyser et comprendre les besoins
- Capacité d’organisation
- Rigueur et esprit d’initiative
- Adapter son travail en toute autonomie selon les besoins des programmes de recherche. Avoir un grand sens de l’écoute.
- Partager les bonnes pratiques.
Spécificité(s) et environnement du poste
L’agent travaillera en collaboration avec les chercheurs et enseignants chercheurs du TAGC développant des méthodes et des outils de bio-informatique.
Expérience souhaitée
- Une expérience dans des fonctions équivalentes serait un plus.
Diplôme(s) souhaité(s)
- BAC+5 dans le domaine de la bio-informatique
Diplôme requis
- Diplôme minimum de niveau 6 (anciennement II).
Environnement de travail
- Temps de travail : Temps plein- Nombre d’heures hebdomadaires : 38h et 30mn- Congés Annuels et RTT : 32 jours ouvrés et 13 jours de RTT
- Activités télétravaillables: ☒ OUI ☐ NON Selon les conditions statutaires Inserm, à discuter avec le responsable hiérarchique
- Rémunération: Selon la grille indiciaire correspondant au corps de recrutement, une reprise d’ancienneté selon le niveau d’expérience et un régime indemnitaire (RIFSEEP) correspondant à la fonction occupée. Rémunération indicative brute moyenne mensuelle inclus IFSE* (sur la base d’un indice moyen de rémunération) : 2 510€* Indemnité de Fonctions, de Sujétions et d’Expertise
- Pour en savoir + Sur l’Inserm : https://www.inserm.fr/ ; site RH : https://rh.inserm.fr/Pages/default.aspx; sur la politique handicap de l’Inserm et sur la mise en place d’aménagements de poste de travail, contactez la Mission Handicap : emploi.handicap@inserm.fr; sur l’unité : https://tagc.univ-amu.fr/