Mots-Clés
bioinformatique
santé
Description
Contexte
Le Laboratoire Innovations en spectrométrie de Masse pour la Santé (LI-MS) est un laboratoire du CEA à Saclay spécialisé dans le développement et l’application d’analyses métabolomiques pour la découverte et lavalidation de biomarqueurs en santé. Le laboratoire, membre fondateur de l’infrastructure nationale MetaboHUB, regroupe des activités de recherche en chimie analytique et en sciences des données ainsi qu’uneplateforme technologique SMArt-Omics. Il coordonne des études métabolomiques dans le cadre de projetsnationaux et internationaux en biologie et santé. Au sein de ce laboratoire , l’équipe Odiscé se distingue parson expertise en sciences des données à la fois au niveau méthodologique (mathématiques, statistique etintelligence artificielle) comme appliqué (workflows computationnels, clusters de calcul, interfaces graphiques),afin de développer des méthodes innovantes pour la gestion, le traitement, l’analyse, et l’interprétation à haut-débit des données volumineuses et complexes issues des analyses métabolomiques par spectrométrie demasse haute résolution.
Le contrat proposé s’inscrit dans le programme PROPSY en psychiatrie de précision, qui comprend l’analyse de 18 000 profils métaboliques. Pour répondre à cette initiative ambitieuse, nous sommes à la recherche d'un.eingénieur.e en bio-informatique pour contribuer au développement des outils et des méthodes nécessairespour assurer un passage efficace à l'échelle.
Description du poste
Vous intégrerez l’équipe Odiscé en sciences des données sur le site du CEA-Saclay afin de soutenir lesdéveloppements bio-informatiques essentiels au traitement des données produites par le laboratoire. Vosmissions consisteront à développer et maintenir de nouvelles applications visant à faciliter le traitement degrands flux de données. Vous collaborerez étroitement avec les chimistes et analystes du laboratoire pourproposer et déployer des solutions innovantes sur les infrastructures à disposition.
Profil recherché
De formation bio-informatique et bio-statistique avec un niveau bac+5, vous avez un intérêt prononcé pour lesinterfaces avec la biologie/chimie. Les technologies informatiques de pointe ne vous font pas peur et voussouhaitez intégrer une équipe de recherche dynamique.
Compétences demandées
- Maîtrise avancée du langage R, notamment de Shiny
- Utilisation des systèmes de contrôle de version
- Capacité à travailler efficacement en équipe
- Aptitude à assurer le suivi de projet (gestion des tâches, traçabilité, rapports)
Compétences complémentaires
- Connaissance d’autres langages de programmation (Python, C#, C++)
- Connaissance des outils Docker et/ou Singularity
- Notions en spectrométrie de masse ou chimie ou analyse métabolomique