Mots-Clés
apprentissage
master 2
bioinformatique
pangénomique
développement
calcul intendif
plantes
génome du blé
Description
Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
Sur le site INRAE de Clermont-Ferrand, vous serez accueilli.e au sein de l'équipe BIOINFO de l'UMR GDEC et bénéficierez de l'encadrement et du réseau professionnel de celle-ci.
Titulaire du niveau de Master 1 en Bioinformatique, le projet d'apprentissage Master 2 en alternance qui vous sera confié est la construction et la caractérisation d'un pangénome de blé. A l'aide d'outils et pipelines déjà existants, mais aussi de codes que vous serez amené.e à développer, vos missions seront de (1) construire un graphe de pangénome, (2) compléter et expertiser l'annotation structurale des génomes étudiés puis transférer celle-ci sur le graphe obtenu, et (3) enfin caractériser le pangénome, notamment en analysant la dynamique des variants structuraux au sein de ces génomes. Votre étude sera directement reliée à deux projets de pangénomique menés actuellement par l'équipe BIOINFO.
Les compétences souhaitées sont l'utilisation des langages de programmation et workflow (bash, python, R, snakemake, git), des méthodes de calculs intensifs et distribués, ainsi que des principes FAIR (reproductibilité, containerisation, documentation, etc). De bonnes connaissances en génomique seront un avantage.
Cette expérience professionnelle, sur une approche de génomique très actuelle, sera formatrice et très représentative du métier de bioinformaticien.ne, conférant des connaissances théoriques en génomique ainsi que des compétences techniques recherchées en entreprise.
L’apprenti.e sera installé.e dans un des bureaux de l'équipe BIOINFO, aura à sa disposition un poste de travail avec PC portable et dock, et exécutera ses calculs sur serveurs distants principalement, notamment sur le cluster HPC2 partenaire du Mésocentre, Université Clermont-Auvergne ou un cluster de calcul instancié sur le cloud de l'IFB.
Conditions d'activité pratiques :
Horaires de bureau : 7h par jour, 35h par semaine.
Travail sur ordinateur et réunions régulières.
Localisation sur le site INRAE clermontois (accessible en transport en commun)
Formations et compétences recherchées
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.