ingénieur d'étude en bioinformatique

 CDD · IE  · 12 mois    Bac+3 / Licence   INRAE - Plateforme GeT-PlaGe · CASTANET TOLOSAN (France)  2 244.79€ brut de base, variable selon expérience

 Date de prise de poste : 1 octobre 2024

Mots-Clés

sequencage workflow

Description

La plateforme GeT-PlaGe propose depuis 22 ans ses services dans le domaine de la Génomique à l’ensemble de la communauté scientifique nationale dans les domaines de l’agronomie, l’environnement et l’écologie.

Positionnée sur des technologies innovantes et front de sciences en séquençage, la plateforme dispose des toutes dernières technologies et méthodologies disponibles dans son domaine.

 Vous rejoindrez une équipe impliquée et dynamique de 30 personnes.

Sous la responsabilité de la Directrice de la plateforme et de la responsable de l’équipe de bio informatique et bio analyse, vous serez en interaction forte avec les personnels de l’équipe de biologistes. GeT-PlaGe utilise exclusivement l’infrastructure de stockage et de calcul de la plateforme bioinformatique, avec qui des interactions régulières sont prévues.

Votre mission prinicipale sera de valider la qualité des données issues des technologies de séquençage présentes sur la plateforme. 

Les missions et activités qui vous incomberont seront de:

  • Gérer les données brutes issues du séquençage nouvelle génération (NGS).
  • Participer au suivi des analyses qualité des données NGS avec l’équipe de biologistes.
  • Former/assister l'équipe de biologistes NGS dans l'utilisation des outils pour l'analyse qualité.
  • Résoudre les problèmes ou participer à la résolution liée aux analyses qualité en lien avec l'équipe de biologistes.
  • Rédiger les documentations d’utilisation des outils informatiques ou bio-informatiques mis en place et former les utilisateurs.
  • Participation à la mise en place des développements nécessaires pour le flux des données brutes.

Compétences souhaitées :

  • Langages : Python, Perl, shell, java, javascript
  • Base de données : MySQL, PostgreSQL, MongoDB
  • Systèmes d’exploitation : Linux, windows
  • Cluster de calcul : Slurm
  • Environnements de travail : Gitlab, Git
  • Des notions en biostats seraient un plus

Vos compétences opérationnelles :

  • Apporter des réponses à des besoins spécifiques.
  • Rédiger la documentation pour les utilisateurs.
  • Accompagner et conseiller.
  • Gérer un référentiel technique.
  • Assurer une veille.

Vos compétences comportementales:

  • Autonomie / Confiance en soi
  • Capacité d'adaptation
  • Rigueur / Fiabilité

 

Candidature

Procédure : Envoyer un mail à get-plage.recrutement@inrae.fr avec un CV et une lettre de motivation.

Date limite : 1 août 2024

Contacts

Anne Fleurbe

 anNOSPAMne.fleurbe@inrae.fr

 https://jobs.inrae.fr/ot-22136

Offre publiée le 11 juin 2024, affichage jusqu'au 1 août 2024