Mots-Clés

bioinformatique, biostatistique, metagenomique, modellisation

Description

Contexte

Un poste INSERM d’Ingenieur-re de recherche en bio-informatique et biostatistique foncttionnelle et ouvert au concurs externe pour rejoindre l’unite NutriOmique (https://pro.inserm.fr/rubriques/nous-rejoindre/concours/ingenieurs-techniciens-administratifs/expert-en-calcul-scientifique; poste 2). NutriOmique est un unité de recherche (Inserm/Sorbonne Université) inter et transdisciplinaire, dans le domaine de l’obésité et des maladies métaboliques associées, située sur le site de Sorbonne Université Faculté de médecine. L’unite s’interesse à comprendre les mécanismes d’induction rapide de la prise de poids et de l’obésité, ainsi que les anomalies d’adaptation tissulaire et de dialogues inter-organes en lien avec l’obésité et ses comorbidités. L’unité est organisée en 5 axes de recherche (https://www.nutriomique.org):

1. Role de la microbiote intestinal dans la phisiopathology et progression de l’obesite et les maladies métaboliques.
2. L’intestin comme interface dans les maladies métaboliques
3. Remodelage pathologique du tissu adipeux
4. Biologie de systemes, modelisation mathematique et analyse bioinformatique de données multi-omiques (metagenomiques, metatranscriptomiques, metabolomiques)
5. Axe translationnel autour de l’évaluation de nouveaux traitements des obésités rares commeinnovation thérapeutique et le retour aux patients.

Objectifs

L’ingénieur-re de recherche en bio-informatique et biostatistique fonctionnelle à haute compétence scientifique aura en charge de contribuer à, et développer, des initiatives de recherche du laboratoire NutriOmique en mettant l'accent sur l'exécution d'approches bio-informatiques et d’intégration de données de haute qualité « omique » ((méta)génome, (méta) transcriptome, métabolome) en collaborant avec les chercheurs en interne et aussi en externe au laboratoire notamment dans le cadre de projets Nationaux et Européens:

• ll/elle sera coresponsable des développements méthodologiques nécessaire à l’intégration dedonnées notamment la mise en place de "pipelines" bio-informatiques et biostatistiques pouvantêtre utilisé et mise à disposition de l’équipe mais aussi de la communauté scientifique,notamment dans le cadre de projets transversaux.
• Il/elle analysera en priorité les données produites dans le cadre de l’unité NutriOmique ainsi quecelles produites dans le cadre des collaborations académiques et de partenariats industriels, enparticulier le cadre d'études de cohortes; cohortes cliniques issues du suivi de la chirurgie bariatrique ou issues de suivis biocliniques longitudinaux ou d'études transversales réalisées dans des consortiums européens passés le projet MetaCardis coordonné par l’Inserm, ou de nouveaux projets Européens en cours.

Le/la candidat-e agira en tant qu'expert bioinformatique et biostatistique pour apporter des réponses aux questions des chercheurs et contribuer aux développements des interactions avec les réseaux locaux (FHU) ou nationaux regroupant des équipes Inserm/Sorbonne Université autour du microbiote intestinal et de la santé. Par les projets conduits, le/la candidat(e) recrutée renforcera les connaissances autour des enjeux de santé métabolique qui interagissent avec le microbiote intestinal et la biologie de l’hôte.

Profil

• Recueil, analyse et traitement des données « omiques » (connaissance approfondie)
• Biologie (connaissance générale)
• Outils de calcul scientifique
• Modélisation et simulation numérique
• Algorithmique
• Utilisation courante de Linux et des langages de « scripting » sur clusters de calcul à haut-performance