Société Française de Bioinformatique

L’émergence de maladies fongiques chez les plantes ainsi que l’apparition de souches plus agressives est une conséquence directe des changements globaux. La culture du palmier à huile en Afrique est confrontée à l’émergence d’une maladie fongique d’origine tellurique, la pourriture basale du stipe (BSR). En Asie du sud-est, cette maladie est déjà bien installée depuis plusieurs décennies et elle est à l’origine de pertes significatives de rendement. Les agents pathogènes responsables de la BSR sont des basidiomycètes du genre Ganoderma : G. boninense en Asie et G. Rywardenii en Afrique. Sur les deux continents, la forte variabilité du niveau d’agressivité des isolats témoigne d’un important réservoir d’adaptation vis-à-vis de l’hôte. L’étudiant aura pour mission d’identifier des facteurs moléculaires impliqués dans la pathogénie des isolats africains. Il s’agira notamment de déterminer quels facteurs sont des composantes conservées et donc vraisemblablement indispensables à la pathogénie et quels facteurs sont plutôt susceptibles de contribuer à la variabilité d’agressivité observée entre isolats. Il s’agira 1) de décrire les gènes candidats pour l’agressivité et leur distribution dans plusieurs génomes puis 2) de les caractériser (contexte génomique, fonction prédite, patron d’expression et patron de diversité nucléotidique) et enfin 3) de déterminer leur position dans des réseaux de régulation de l’expression de gènes et/ou des voies métaboliques associés à l’interaction hôte/pathogène.