Mots-Clés

métagénomique microbiote intestinal auto-immunité inflammation data science

Description

Contexte

L’essor récent de la métagénomique a permis des avancées scientifiques majeures dans le domaine de la santé humaine en étudiant le rôle du microbiote intestinal dans des maladies aussi diverses que l’obésité, le diabète, le cancer ou les maladies cardio-vasculaires.

Au sein de l’unité INRAE MetaGenoPolis (www.mgps.eu), l’équipe InfoBioStat (IBS) développe une expertise pointue dans la découverte, la caractérisation et la compréhension du microbiote intestinal et de ses associations à des pathologies.

Le projet RHU ATRACTion a l’ambition de réduire l’errance diagnostique et à améliorer le pronostic dans les déficits immunitaires primaires avec auto-immunité ou inflammation. Le système immunitaire protège notre corps contre les pathogènes et contrôle l'émergence des cellules tumorales. Il doit aussi s'autoréguler pour éviter les maladies auto-immunes ou auto-inflammatoires. En cas d'erreur génétique, ce système peut être défaillant, ce qui est appelé déficit immunitaire primaire. Cela peut entraîner des infections répétées ou sévères, une susceptibilité accrue à certains cancers et des manifestations auto-immunes ou inflammatoires. Actuellement, plus de 350 déficits immunitaires primaires distincts sont recensés.

Bien que ces pathologies aient une origine génétique, leurs conséquences biologiques varient selon la pathologie et même d'une cellule à l'autre. Ces variations peuvent être dues à des régulations géniques épigénétiques et au microbiote de chaque individu. Ce projet se distingue par deux approches : 1) réaliser des analyses à l’échelle de la cellule unique pour découvrir de nouveaux réseaux d’interaction et mécanismes dérégulés, et 2) analyser en parallèle la composition du microbiote et les métabolites qu’il produit.

Nous recherchons actuellement un·e bioanalyste / biostatisticien·ne pour rejoindre IBS et analyser les données du microbiote intestinal des enfants patients et contrôles afin de de répondre aux questions scientifiques de ce projet. Ce projet se fera en interaction forte avec le consortium de ce projet, qui regroupe autour de lui 11 partenaires, académiques (INSERM, APHP, INRA, CEA, Université de Paris) ou industriels (Sanofi et Ariana Pharma).

Ce projet ouvre la voie à une médecine beaucoup plus personnalisée et à de nouvelles solutions thérapeutiques reposant sur de nouvelles molécules ou le repositionnement de molécules déjà utilisées dans d’autres pathologies.

Description du poste

Les missions

• Comprendre le contexte biologique et médical, la manière dont sont générés les données et les enjeux biomédicaux associés
• Mener le projet d’analyse de données métagénomiques :
  • Formaliser, avec les partenaires du projet, les questions scientifiques et la manière d’y répondre
  • Utiliser des méthodes statistiques d’analyse métagénomiques, d’intégration de données et de machine learning
  • Proposer des visualisations graphiques, tester et élaborer de nouvelles hypothèses
  • Assurer l’organisation des données et le suivi de leur exploitation jusqu’à leur visualisation via une forge logicielle en utilisant un outil de versionning
• Assurer une veille scientifique et technologique sur l’évolution des concepts et des méthodes en métagénomique
• Valoriser les résultats obtenus sous forme de publications, posters, communications dans des congrès ou brevets
• Travailler en conformité avec le système de management de la qualité en place (ISO9001 / ISO27001) : rédaction des rapports et de la documentation

Profil souhaité

• Expérience en analyses de données omiques ;
• Compétences en statistiques, intégration de données, machine learning
• Maîtrise du langage R et des packages de manipulation et visualisation de données (tidyverse)
• Connaissances générales en biologie, en écologie microbienne et des problématiques liées aux données métagénomiques ;
• Bon niveau d'anglais scientifique (lu, parlé, écrit).

Formation

• De Bac + 5 à Bac + 8 (Master/Ingénieur/Doctorat) en biostatistiques, bioinformatique ou en biologie (orientée omiques)

Informations pratiques

• Type de poste :  CDD IE / IR / postdoc selon diplômes et expérience
• Durée du poste : 24 mois renouvelable
• Ville : 78350, Jouy-en-Josas
• Laboratoire : INRAE – MetaGenoPolis (MGP)
• Adresse : Bâtiment 325 – Domaine de Vilvert – 78350 JOUY-EN-JOSAS (https://www.google.fr/maps/place/MetaGenoPolis/)
• Date limite de candidature : 26/07/2024 
• Nom des contacts :  Magali Berland, Mathieu Almeida, Nicolas Pons
• Email des contacts : magali.berland@inrae.fr ; mathieu.almeida@inrae.fr ; nicolas.pons@inrae.fr 
• Date de début souhaité : 01/09/2024 ou 01/10/2024
• Salaire : grille INRAE, selon diplômes et expérience