Mots-Clés

genomique analyse homeologues NGS

Description

Caractérisation des échanges entre chromosomes homéologues

Date de prise de fonction : au plus tard Janvier 2025

Projet de recherche et missions

Ce contrat est proposé dans le cadre du projet Edin, qui vise à étudier l’impact des réarrangements chromosomiques sur l’expression des gènes et les caractères phénotypiques chez l’espèce Brassica Napus (Colza). C’est une espèce allohaploide, dont le génome est composé de deux génomes (Brassica oleracea et Brassica rapa). Les réarrangements peuvent se produire à la fois au sein d’un génome, entre chromosomes homologues, et entre les chromosomes des deux génomes, dits homéologues.

Ces réarrangements peuvent, potentiellement, altérer des régions codantes, modifiant un gène ou son expression, changeant sa position par rapport aux éléments régulateurs, entraînant des répercussions dans tout le système biologique qui peuvent se manifester par une modification du phénotype de la plante.

Plus particulièrement, le workpackage 1 vise à caractériser les échanges entre chromosomes homéologues chez Brassica Napus, en en déterminant la position, la taille, le contenu et la distribution le long du génome. L’étude des occurrences permettra, à terme, de proposer un modèle de prédiction de celles-ci.

Dans ce cadre, les missions de la personne recrutée seront :

• L’analyse des données de génotypage de puce à ADN pour identifier et décrire les échanges entre homéologues ;

• L’analyse de la distribution des données de polymorphismes entre homéologues et notamment la comparaison des niveaux, de la nature et de la distribution des polymorphismes entre homologues et entre homéologues ;

• L’analyse de données DNA seq, pour identifier et décrire les échanges entre homéologues

  • Analyse données pacbio pour vérifier le génome de référence

  • Analyse de données Illumina (WGS)

Contexte de travail

Employé par Innoléa, la personne recrutée sera rattachée à l’Institut Jean-Pierre Bourgin, basé sur le site INRAE Versailles, route de Saint-Cyr, 78000 Versailles. Innolea, est une société française de recherche en Oléagineux mandatée par les semenciers : Lidea, RAGT et Limagrain et la filière oléoprotéagineuse. L’IJPB est un grand centre de recherche européen dans le domaine de la biologie des plantes. Il regroupe un ensemble de ressources et de compétences pluridisciplinaires en biologie, chimie et mathématiques. L’unité est organisée en 3 pôles de recherche et dispose d’un Observatoire du végétal (Centre de ressource biologique, plateforme de chimie, biochimie, cytologie, microscopie et phénotypage à haut débit) ainsi que des services communs apportant un appui technique et méthodologique aux projets de recherche.

La personne évoluera au sein de l’équipe des services communs bio-informatique, composés de trois ingénieures présentant des compétences en bioinformatique et statistiques.

Profil recherché : souhaitable : thèse ou expérience préalable dans l’analyse de données NGS.

Compétences/connaissances

• Bonne maîtrise de R et de shell

• Bonnes connaissances en NGS (Illumina, PacBio), et en analyse de variations génomiques

• Bonnes pratiques de développement de code

• Notion des Principes FAIR

• Maîtrise du français ou de l’anglais