Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Python Pipelines Protéotypage Métaprotéomique Protéomique IA

Description

Contexte

L’offre s’incrit dans les activités innovantes de détection et caractérisation d’organismes et de marqueurs par spectrométrie de masse du Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic (Li2D). Au sein de la plateforme ProGénoMix du laboratoire, mondialement reconnue dans le domaine de la protéomique microbienne et de la métaprotéomique, vous travaillerez dans une équipe de 3 personnes, dont un chercheur en bioinformatique senior.

La laboratoire est situé à 5 mn de Bagnols sur Cèze, 20 mn d'Orange et 30 mn d'Avignon.

Description du poste 

L’offre concerne le besoin d’évolution d’un pipeline existant, écrit en Python, permettant la caractérisation taxonomique et fonctionnelle d’échantillons inconnus.

Les missions principales du poste incluront de:

• Tester et intégrer divers outils récents de mises en correspondance spectres MS/MS – séquence de peptides (DDA, DIA, de novo…) dans le process global de protéotypage,
• Sélectionner et appliquer des méthodes de classification ou de régression par IA adaptées aux jeux de données disponibles,
• Optimiser les bases de données d’organismes utilisées pour un compromis couverture / rapidité / empreinte mémoire, en intégrant les nouveaux séquençages d’organismes (isolats, MAGs, SAGs …)
• Définir, mettre en œuvre et valider un estimateur de confiance global (Python, R),
• Améliorer l’IHM du pipeline, la documentation des développements, et simplifier et optimiser le code existant,

Compétences souhaitées

- Fortes compétences en développement de code Python

- Connaissances / compétences en méthodes IA.

- Connaissances SQL

Aptitudes personnelles

• Force de proposition
• Reporting
• Rigueur