Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Bioinformatique Epigenomique Epigénétique single-cell reproductibilité

Description

Contexte du poste :

L’équipe “Bioinformatics of Epigenomics” dirigée par D. Puthier (TAGC, Marseille) s’intéresse aux mécanismes transcriptionnels contrôlant le développement et l’activation des lymphocytes T. Cette équipe travaille en étroite collaboration avec la plateforme de séquençage TGML (TAGC, Marseille), co-dirigée par D. Puthier et B. Loriod. L’équipe souhaite recruter un(e) ingénieur(e) d’étude en bioinformatique pour prendre en charge l’analyse de données -omiques.

Missions principales :

• Comprendre les questions biologiques en jeu et porter un regard critique sur les analyses produites. 
• Définir des stratégies et outils à mettre en œuvre pour l’analyse de jeux de données biologiques (par exemple, ChIP-seq, Cut & Tag, (sc)RNA-seq).
• Utiliser des outils et des infrastructures de calcul haute performance pour réaliser les analyses.
• Assurer la qualité et la reproductibilité des résultats obtenus.
• Apporter un support ponctuel aux expériences de biologie moléculaire, en fonction des besoins du projet.
• Participer à des actions de formation.
• Communiquer les résultats lors de réunions ou séminaires de travail. 

Profil :

• Solides connaissances en analyse de données.
• Connaissances avancées en biologie cellulaire et moléculaire, en génomique et génétique.
• Maîtrise des langages R, Python et Bash.
• Bonne maîtrise de Snakemake ou Nextflow.
• Compétences en conteneurisation (Docker / Singularity).
• Intérêt pour la reproductibilité et les procédures normalisées (par exemple, norme ISO).
• Connaissances pratiques en biologie moléculaire.
• Capacités rédactionnelles.
• Sens critique et force de décision.
• Bon niveau d’anglais.
• Capacité à travailler en équipe ou en autonomie.