Mots-Clés

machine-learning bioinformatique application web immunologie auto-immunité

Description

Offre de Stage en Bioinformatique – Master Niveau 2

Laboratoire d’Immunologie et Immunogénétique, CHU de Bordeaux

Contexte du Stage

Le laboratoire du CHU de Bordeaux recherche un(e) étudiant(e) en bioinformatique ou un(e) étudiant(e) en informatique, intéressé(e) par le context biologique et médical, pour participer au déploiement et à l’optimisation d’outils numériques innovants, essentiels pour le diagnostic des maladies auto-immunes (MAI) et le suivi qualité d'un laboratoire. Vous contribuerez notamment à intégrer une application de classification automatique d’images de cellules HEp-2 et à améliorer les flux de données dans un environnement médical exigeant et accrédité ISO 15189.

Objectifs du Stage

1. Déploiement d’une Application de Classification Automatique des Images HEp-2

   • Mise en place de l’application : Une application Web développée en collaboration avec l’INRIA sera installée et configurée pour analyser des images de cellules HEp-2 utilisées dans le diagnostic des MAI.
   • Formation et support aux utilisateurs : Vous accompagnerez les biologistes et techniciens dans l’utilisation de cet outil, en intégrant l’application aux procédures quotidiennes du laboratoire (environ 12 000 examens par an).
   • Analyse des performances :
     • Générer des statistiques sur la concordance entre l’algorithme de classification et les experts humains.
     • Identifier et analyser les cas discordants pour affiner l’algorithme et améliorer les performances du système.
   • Base de données d’images : Vous contribuerez à enrichir la base de données d’images annotées, en classant les images historiques et en optimisant la gestion des données
   • Automatisation des flux de données : Actuellement, les images capturées par microscope sont stockées manuellement sur un disque local. Vous devrez concevoir un flux automatisé pour extraire, organiser et rendre ces données accessibles via l’application Web.
   • Tri et sauvegarde des images : Développer un système de sauvegarde systématique et de tri des images par type de tissu. Ce tri facilitera la recherche future et la création d’algorithmes adaptés à d’autres types d’analyses au sein du laboratoire.

2. Optimisation d’un Outil de Suivi des Contrôles Qualité Internes (CQI)

   • Déploiement de l’outil : Un outil Web permettant de suivre les tendances des contrôles qualité internes sera implémenté dans plusieurs secteurs du laboratoire. Cet outil inclut des graphiques (Levey-Jennings) et des alertes en cas de non-conformité.
   • Amélioration continue : Vous participerez à l’ajout de fonctionnalités, à la correction des erreurs et à l’optimisation de cet outil pour répondre aux besoins des utilisateurs.
   • Validation bioinformatique : Aider à formaliser et documenter les tests nécessaires pour garantir la conformité aux exigences d’accréditation (ISO 15189).

Environnement de Travail

• Travail collaboratif avec bioinformaticiens, biologistes médicaux, techniciens, et services transversaux du CHU.
• Supervision par un bioinformaticien en poste et un biologiste formé en deep learning.
• Accès au matériel et infrastructures nécessaires au développement, dans un environnement favorisant la prise d’initiative et l’intégration.

Profil Recherché

• Étudiant(e) en master 2 de bioinformatique ou domaine connexe.
• Compétences souhaitées : Python, Django, HTML/CSS, SQL, Bash, gestion de bases de données.
• Qualités : motivation, autonomie, curiosité, et capacité d’adaptation.

Ce stage représente une opportunité unique de travailler sur des projets bioinformatiques appliqués à la médecine, avec des implications directes sur le diagnostic clinique. Rejoignez-nous pour contribuer à des avancées significatives dans le domaine médical !