Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

genomique Epigenomique transcriptomique vegetal environnement

Description

Missions
La personne recrutée apportera un soutien technique et conceptuel pour les projets bioinformatiques de l’équipe d’accueil. Il/elle mettra en application des pipelines d’analyses de données génomiques générées au laboratoire en utilisant les méthodes les plus récentes (www.pnds-lab.eu). Il/elle proposera et développera également des stratégies originales permettant des analyses bio-informatiques ciblées et adaptées aux questions biologiques du projet GODESS (Orchestration des génomes par le ppGpp lors de l’émergence des plantules du sol).
Activités
Ses analyses porteront sur la caractérisation de profils épigénomiques (ChIP-seq, WGBS) et transcriptomique (RNA-seq) obtenus par des approches NGS sur la plante modèle Arabidopsis thaliana. L’intégration fonctionnelle de ces jeux de données visera à mieux appréhender d’une part les mécanismes chromatiniens de régulation de l’expression du génome nucléaire et d’autre part les mécanismes de régulation transcriptionnelle du génome chloroplastique, tous les deux dans le contexte de l’adaptation des plantes aux changements environnementaux. L’ingénieur.e pratiquera également une veille de la littérature scientifique sur les méthodes computationnelles nécessaire au développement du projet. Il/elle participera de façon active aux réunions d’équipe.