Mots-Clés

bioinformatique métagénomique apprentissage snakemake mamba

Description

L’Anses recrute en contrat d’apprentissage, Apprenti en « master 1/2 en Bioinformatique » (H/F)

Poste basé à PLOUFRAGAN (22440)
- contrat d’apprentissage 1 à 2 ans

DESCRIPTION DU PROJET DE MISSION

Votre équipe

Le poste est localisé au Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, site de Ploufragan, dans l’unité de Génétique Virale et Biosécurité (GVB) et dans l’équipe bioinformatique.

L’unité GVB comprend 4 équipes qui travaillent dans le domaine des maladies infectieuses chez le porc, des interactions hôtes-pathogènes, de la vaccination et de la bioinformatique. De plus elle héberge une plateforme de Séquençage haut débit ouverte à l’ensemble des laboratoires de l’Anses.
Elle contribue grâce à une dynamique de plateforme (NGS, transcriptomique) à fournir un environnement scientifique et technique propice aux activités de recherche et de référence du site de Ploufragan-Plouzané ainsi qu’aux autres sites de l’Anses.
Dans le cadre de son activité de plateforme de séquençage haut début, l’UGVB a été amenée à développer ses capacités d’analyse en bioinformatique et à proposer une offre de service accessible aux différents laboratoires de l’Anses . Elle a pour cela développé un certains nombres d’outils bioinformatiques et mis a dispositions des équipes partenaire une instance Galaxy qu’elle maintient et gère.

Vos missions

Les avancées récentes en analyse métagénomique, portées par l’émergence des technologies de séquençage de nouvelle génération, ont considérablement élargi nos connaissances sur les communautés microbiennes, bien au-delà des capacités des techniques conventionnelles. Cette approche innovante permet d’identifier des micro-organismes nouveaux et non cultivables en exploitant leurs informations génétiques issues d’environnements complexes. L’analyse génomique des communautés microbiennes peuplant des milieux tels que le fumier, le compost ou le sol, ainsi que l’étude de leur dynamique, est devenue un enjeu majeur pour l’Anses. Ces recherches visent à mieux comprendre les interactions microbiennes et à répondre aux besoins croissants des différentes équipes de l’agence.

Dans ce contexte, la plateforme de séquençage et de bioinformatique souhaite développer un ensemble d’outils permettant l’analyse des séquences à toutes les étapes du flux de travail bioinformatique, incluant : le prétraitement des données, l’assemblage des génomes, le binning, l’assignation taxonomique, la recherche d’éléments mobiles et l’identification de gènes de résistance et de virulence. Les récents progrès en deep-learning ont également ouvert des perspectives prometteuses pour l’analyse métagénomique, avec l’apparition de nouvelles méthodes exploitant ces avancées technologiques.

Encadré(e) par votre maître d’apprentissage, vous participerez activement au développement des activités bioinformatiques nécessaires au bon fonctionnement de la plateforme de séquençage. Vous contribuerez principalement à la mise en place d’outils novateurs destinés au traitement des données métagénomiques produites au sein de l’Anses.

Conditions particulières

Travail en laboratoire confiné (P2+)

PROFIL RECHERCHÉ

Diplôme préparé

Vous préparez une formation en master en contrat d’apprentissage

Compétences (connaissances attendues, savoir-faire et savoir être)

• Compétences scientifiques et/ ou techniques en bioinformatique
• Connaissances approfondie de languages de programmation (bash, python, snakemake)
• Connaissances en apprentissage automatique (machine-learning)
• Autonomie sur l’environnements linux
• Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe 
• Capacités rédactionnelles avérées et aptitudes à la communication orale
• Capacités d’analyses et de synthèse
• Maîtrise de l’anglais scientifique (communication écrite et orale)
• Aptitude organisationnelle, rigoureux(se) et dynamique,

L’Agence

L’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) assure des missions de veille, d’expertise, de recherche et de référence sur un large champ couvrant la santé humaine, la santé et le bien-être animal, et la santé végétale. Elle offre une lecture transversale des questions sanitaires et appréhende ainsi, de manière globale, les expositions auxquelles l’Homme peut être soumis à travers ses modes de vie et de consommation ou les caractéristiques de son environnement, y compris professionnel.

L’Anses informe les autorités compétentes, répond à leurs demandes d’expertise. L’Agence exerce ses missions en étroite relation avec ses homologues européens.

L’Anses en chiffres

• 1400 agents et 800 experts mobilisés
• Budget annuel : 141 millions d’euros
• Plus de 14000 avis émis depuis 1999
• 66 mandats de référence nationale
• 8 millions d’euros/an en soutien aux appels à projets de recherche

Pour en savoir plus : www.anses.fr

POUR POSTULER

• Date limite de réponse : 31/05/2025
• Renseignements sur la mission :
  • Arnaud Felten (arnaud.felten@anses.fr 0296016271),
  • Fabrice Touzain (fabrice.touzain@anses.fr 0296016296),
  • Yannick Blanchard (yannick.blanchard@anses.fr 0296016297) et
  • Maud Contrant (maud.contrant@anses.fr 0296016214)
• Adresser les candidatures par courriel en indiquant la référence AP-2025-054 à : recrutement@anses.fr (et aux adresses mentionnées ci-dessus) accompagnées:
  • d’une lettre de motivation,
  • d’un CV et
  • des informations concernant le centre de formation en précisant le coût de la formation à la charge de l’entreprise.