Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

immunologie computationnelle onco-immunologie greffe immunologie tranlationnelle immunothérapie

Description

Projet scientifique. L’immunologie computationnelle (IC) est une discipline émergente à l’interface de l’immunologie et de l’informatique. Elle exploite et intègre les « big data » générées par différentes technologies “omiques” pour étudier le système immunitaire avec une complexité jamais atteinte. L’IC permet d’identifier des biomarqueurs spécifiques, de simuler des interactions immunitaires complexes et de tester in silico diverses hypothèses thérapeutiques. L’objectif est de développer sur site l’IC afin d’identifier des approches thérapeutiques innovantes et de prédire et optimiser la réponse aux traitements dans deux indications principales :
• Les greffes (cellules souches hématopoïétiques ou d’organes) dont le devenir est propre à chaque couple donneur-receveur.
• Le cancer où la tumeur se développe dans un environnement immunogénétique propre à chaque patient.
Ce projet doit placer notre site à la pointe de la génération de connaissances et de l’innovation thérapeutique en immuno-pathologie.
Projet d’enseignement :
Notre projet vise à former la prochaine génération d’immunologistes à l’IC pour mener des recherches translationnelles en immuno-pathologie, immuno-oncologie et transplantation. Il repose sur des connaissances fondamentales en immunologie, épigénétique et bio-informatique. Dans le cadre d’un master, l’enseignement inclura des cours magistraux, des séminaires de recherche et des travaux pratiques sur l’analyse des données multi-omiques (transcriptomique, épigénétique, répertoire T, bio-informatique…). Cette approche familiarisera les étudiants à la conception d’expériences, aux technologies de pointe et à l’interprétation des données complexes. À l’issue de la formation, ils comprendront les interdépendances entre les cellules immunitaires et leur environnement (cellulaire, tissulaire ou tumoral) et les spécificités des réponses immunitaires antitumorales, auto-immunes ou allogéniques. En appui, une équipe enseignante existante sera mobilisée. Cette formation pluridisciplinaire préparera les étudiants à devenir des acteurs clés de la recherche en immunologie.
Stratégie du laboratoire d’accueil :
L’équipe Immunorégulation et Biothérapie (I-Biot) a pour objectif d’approfondir sa compréhension (i) des mécanismes impliqués dans les complications immunologiques des greffes et (ii) dans le rôle du système immunitaire lors du développement des cancers, avec un objectif thérapeutique. Ce projet s’appuie sur des cohortes de patients, des modèles expérimentaux uniques développés par le laboratoire et une dimension multi-omique et computationnelle. Notre implication passée dans les technologies “omiques” nous permet désormais de disposer d’une expertise interne. Nos collaborations avec d’autres centres (Curie, Saint Louis et le CEA) nous donnent accès et nous acculturent aux approches multi-omics et au traitement des données par IA via notre partenaire privé ARTELYS. Le recrutement d’un(e) candidat(e) immunologiste expert(e) en analyse multi-omique unicellulaire, en bioinformatique et en analyse de données complexes complétera nos compétences internes, nous apportera plus d’autonomie et nous permettra d’étendre ces approches sur notre site hospitalo-universitaire.