Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

IRM, PYTHON, XNAT

Description

Dans le cadre d’un projet de recherche portant sur la maladie de Charcot Marie Tooth et plus spécifiquement son caractère progressif, le groupe « Muscle » du CRMBM (UMR CNRS 7339) recrute un€ bioinformaticien(ne) pour gérer une base de données IRM et intégrer des codes d‘analyse écrits en Python dans l’environnement XNAT. Le projet vise à évaluer le caractère progressif de la pathologie et identifier les biomarqueurs les plus pertinents.

• Environnement de travail, missions et activités
1. Optimiser un pipeline existant pour le traitement des données IRM.
2. Intégrer ce pipeline dans l’environnement XNAT à des fins de contrôle qualité.
3. Effectuer des analyses statistiques et visuelles des résultats (diversité, clustering).
4. Interpréter des résultats en lien avec les partenaires du projet.
5. Rédiger des rapports et de la documentation.
6. Contribuer à la valorisation scientifique (publications, présentations).

• Formation et compétences recherchées
• Formation : Master 2, doctorat ou expérience équivalente en bioinformatique.
• Expérience en analyse de données
• Compétences en analyse statistique et visualisation (R, ggplot2, ).
• Maîtrise d’un ou plusieurs langages de scripting (Python, R, Bash). • Capacité à travailler de façon autonome.
• Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire et à documenter les analyses.
• Rigueur, sens de l’organisation et goût pour le travail reproductible.

Durée du contrat de 12 mois renouvelable 1 à 2 fois