Mots-Clés
Insectes ravageurs agricoles
assemblage de génome
GWAS
génomique
Description
Engineer position in Bioinformatic within the PlantAlliance ACRA project
We are pleased to announce an exciting engineer opportunity fully funded by the project PlantAlliance ACRA. The project will be carried out at the Institute of AgroBiotech (ISA) in Sophia Antipolis, INRAE. The engineer will be affiliated with the IPIE team under the supervision of F Hilliou and M Da Rocha (PlantBIOs) and in collaboration with EPGV (INRAE)
Title: GWAS on hemp: tolerance to biotic stress
Keywords: Agricultural pest insects, Hemp, genome acquisition, GWAS, bioinformatics
Summary: This project aims to improve our understanding of the genomic regions of hemp involved in tolerance to biotic stresses such as arthropods. In the PlantAlliance ACRA project we are sequencing new genetic resources of hemp from our partner Hemp-it-ADN collection. We have a 10 months position starting in September 2025 for a bioinformatic engineer that will be in charge of the assembly of a new hemp genome, its structural and functional annotations.
Metabolomic data are currently collected on hemp population under selection for flea-beetle tolerance. Genomic data and metabolomic data will be combined by the engineer. The engineer will also conduct GWAS study to associate flea-beetle tolerant phenotype to genomic region of the assembled genome suing our multi-omics.
The knowledge generated will contribute to innovative and sustainable pest control strategies for plant breeding.
Methods: High-throughput sequencing (Illumina & Nanopore), genome assembly and annotation, phylogenomics, analysis of metabolic pathways involved in biotic stresses, GWAS.
Starting date: September 2025
Application deadline: Thursday, July 3, 2025 (11:59 p.m.)
We are looking for candidates with:
• A Master’s degree (or equivalent) in bioinformatics
• A strong interest in genomics, phylogeny, entomology, agronomy, plant breeding
• Skills in genome assembly and analysis, phylogenetic, Linux
• Skills in either Bash, Python, or R
• Skill in the use of SLURM calculation clusters as well as workflow managers would be a plus
• Excellent organizational, writing, and teamwork skills
• Advanced intermediate level of French and English
For full details and information on how to apply, please see the attached offer or contact us directly.
Please, share this announcement with potential candidates or relevant networks.
Best regards,
Frédérique Hilliou (INRAE IPIE-ISA), Martine Da Rocha (INRAE-PlantBios-ISA)
To apply : please send a CV with detailed bioinformatic experiences and at least one recommendation letter to Frederique.hilliou@inrae.fr or martine.da-rocha@inrae.fr.
Chères et chers collègues,
Offre d’ingénieur CDD en bio-informatique dans le cadre du projet PlantAlliance ACRA
Nous avons le plaisir de vous annoncer une opportunité de CDD passionnante, entièrement financée par le projet PlantAlliance ACRA. Le projet sera mené conjointement par 2 équipes de l’Institut Sophia Agrobiotech, INRAE, IPIE et PlantBIOs en collaboration avec l’EPGV (INRAE).
Titre : GWAS sur le chanvre : tolérance au stress biotique
Mots-clés : Insectes ravageurs agricoles, assemblage de génome, GWAS, génomique,
Résumé :. Ce projet vise à améliorer notre compréhension des régions génomiques du chanvre impliquées dans la tolérance aux stress biotiques tels que les arthropodes. Dans le cadre du projet PlantAlliance ACRA, nous séquençons de nouvelles ressources génétiques de chanvre à partir d’une collection de notre partenaire hemp-ot-ADN. Nous avons un CDD de 10 mois débutant en septembre 2025 pour un ingénieur bio-informatique qui sera en charge de l’assemblage d’un nouveau génome de chanvre, des annotations structurelles et fonctionnelles.
Des données métabolomiques sont actuellement collectées sur des populations de chanvre sélectionnées pour leur tolérance à l’altise. Les données génomiques et métabolomiques seront combinées afin de mener une étude GWAS associant la tolérance à l’altise à des régions génomiques du chanvre à l’aide de notre système multi-omique.
Les connaissances générées contribueront à l’élaboration de stratégies innovantes et durables de lutte contre les ravageurs dans le domaine de la sélection végétale.
Méthodes : Séquençage haut débit (Illumina & Nanopore), assemblage et annotation de génomes, phylogénomique, analyse des voies métaboliques impliquées dans les stress biotiques, GWAS.
Début du CDD : septembre 2025
Date limite de candidature : jeudi 3 juillet 2025 (23h59)
Nous recherchons des candidats ayant :
• Master (ou équivalent) en bioinformatique
• Intérêt marqué pour la génomique, la phylogénie, l’entomologie, l’agronomie et l’amélioration des plantes.
• Compétences en matière d’assemblage et d’analyse de génomes, de phylogénétique, de Linux
• Maitrise d’au moins un langage de programmation Bash, Python ou R
• La maîtrise de l’utilisation de clusters de calcul sous SLURM, ainsi qu’une expérience avec des gestionnaires de workflows, serait un plus.
• Excellentes capacités d’organisation, de rédaction et de travail en équipe
• Niveau intermédiaire avancé de Français et Anglais
Pour plus de détails et pour connaître les modalités de candidature, veuillez consulter l’offre jointe ou nous contacter directement.
N’hésitez pas à diffuser cette annonce auprès de vos contacts ou dans vos réseaux.
Bien cordialement,
Frédérique Hilliou (INRAE IPIE-ISA), Martine Da Rocha (INRAE-Plant BIOS-ISA)
Pour postuler : Envoyer un cv décrivant en détail votre expérience en bioinformatique et au moins une lettre de recommandation à Frederique.hilliou@inrae.fr or martine.da-rocha@inrae.fr.