Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

bio-informatique ARN épissage vieillissement génétique

Description

Le laboratoire Choquet est un groupe de recherche en génomique fonctionnelle et transcriptomique au sein du département de biochimie et génomique fonctionnelle à l’Université de Sherbrooke. Sherbrooke est une ville située dans le sud-est du Québec, une région reconnue pour le plein-air et les activités récréatives tant en été qu’en hiver. Notre objectif est de comprendre comment la maturation de l’ARN est régulée à travers de longs transcrits et comment elle est modulée dans différents contextes physiologiques et pathologiques. À cette fin, nous utilisons une combinaison de séquençage à haut débit, de génomique fonctionnelle, de biologie moléculaire et d’outils bio-informatiques.

Plus de 95% des gènes humains subissent un épissage alternatif. Les défauts d’épissage sont l’une des caractéristiques moléculaires majeures du vieillissement, qui est le facteur de risque principal pour de nombreuses maladies. Ce projet vise à 1) identifier les facteurs génétiques et environnementaux qui modulent les défauts d’épissage associés au vieillissement et 2) déterminer si ces défauts d’épissage contribuent au développement de maladies plus fréquentes chez les personnes aînées. À cette fin, nous effectuons et analysons du séquençage d’ARN à haut débit (prochaine génération et par nanopores) d’une cohorte de personnes aînées, que nous croisons avec des données phénotypiques.

Le projet consistera d’analyses bio-informatiques (programmation informatique, système d’exploitation Linux, analyse de séquençage à haut débit et autres outils essentiels de la bio-informatique). Le projet est disponible pour une maîtrise (équivalent Master, niveau d’études minimum : Bac+3/licence) ou pour un doctorat (niveau d’études minimum : Bac+5/Master). La date de début est flexible et peut varier de septembre 2025 à mai 2026 en fonction des délais d’obtention du permis d’études.

Profil du candidat ou de la candidate : Étudiant(e) en bio-informatique, informatique ou dans les sciences biologiques qui connaît la programmation en Python et/ou R. Une expérience en analyse de RNA-seq et/ou en biostatistiques est un atout. La maîtrise du français (oral et écrit) est requise.

Pour plus d’informations sur le laboratoire Choquet, visitez www.choquetlab.com