Mots-Clés

epidemiology hospital acquired infections public health hospital information system microbiology

Description

INGENIEUR D’ETUDES DONNEES DE SANTE, EPIDEMIOLOGIE

• Projet : Détection automatisée des épidémies en milieu hospitalier
• Consortium ARPEGE
• Votre formation : Ecole d’ingénieur et/ou Master 2
• Vos compétences : Analyse, visualisation, modélisation de données de santé, programmation R, SQL et/ou Python
• Localisation : Hôpital de la Croix-Rousse, Lyon
• Durée : 1 an
• Les ‘plus’ du poste : Domaine de la santé, travail en milieu hospitalier, projet en partenariat public/privé, objectifs concrets de lutte contre la résistance aux antibiotiques

Partenaires du projet

• Hospices Civils de Lyon
• bioMérieux
• Centre International de Recherche en Infectiologie, Université de Lyon, Inserm U1111

Localisation

Institut des Agents Infectieux, Hôpital de la Croix-Rousse
Equipe Public Health, Epidemiology & Evolutionary Ecology of Infectious Diseases
103 Grande Rue de la Croix-Rousse, 69004 Lyon

Contexte

La détection rapide des épidémies bactériennes est un enjeu majeur pour les systèmes de santé. Les méthodes actuelles de surveillance des épidémies à l’hôpital sont peu réactives. Notre équipe développe et évalue des méthodes automatisées de surveillance épidémique, basées sur l’analyse en temps-réel des données de diagnostic microbiologique générées par les laboratoires hospitaliers.

Mission

La mission principale du poste porte sur le maintien d’un outil de détection automatique des transmissions bactériennes entre patients. Cet outil est basé sur un algorithme qui analyse quotidiennement des données d’antibiogramme des bactéries isolées des patients de l’hôpital, avec une interface graphique, à destination des équipes opérationnelles d’hygiène de chaque groupement hospitalier des Hospices Civils de Lyon. Les technologies utilisées sont Rshiny, PostgreSQL et Python.
Dans un contexte d’amélioration de la surveillance des infections, des épidémies bactériennes et de l’antibiorésistance, et dans une démarche d’épidémiologie et de recherche appliquée, vous contribuerez à l’exploitation, l’intégration et l’analyse des données de données de l’hôpital.

Les missions principales sont :

• Analyse statistique des données : participer au choix de la méthodologie, identifier des tendances, corrélations pertinentes pour la veille épidémiologique ou la recherche.
• Organiser le stockage de données au sein d’une infrastructure de stockage hospitalière
• En lien avec les autres personnes de l’équipe, produire des tableaux de bord, rapports : création de supports visuels et analytiques à destination des cliniciens, épidémiologistes, ou instances de l’hôpital.
• Assurer la maintenance d’un outil déployé en production utilisant les technologies R, Rshiny, PostgreSQL et Python
• Mettre en place d’éventuels développements de l’outil, en lien avec l’équipe projet
• Intégrer de bases de données hétérogènes : mise en relation de sources variées (laboratoire de bactériologie, suivi des épidémies, pharmacie, données administratives…)

Profil

Formation :

Bac +5 dans le domaine des statistiques, de la gestion et du traitement de données ou de l’épidémiologie (formation universitaire ou diplôme d’ingénieur)

Expérience :

Peut convenir à un profil junior pour une première prise de poste.
Les expériences suivantes seraient appréciées :

• analyse et traitements de données
• maintenance évolutive et corrective d’applications déployées

Compétences techniques souhaitées :

• Maîtrise d’un ou plusieurs logiciels d’analyses de données, d’outils de visualisation de données (R, R Shiny, Python…)
• Compétence en gestion de bases de données (PostgreSQL)
• Compréhension d’un algorithme de détection de signaux épidémiques.
• Capacité à gérer des déploiements, des mises à jour et le suivi des incidents d’un outil informatique avec une interface utilisateurs
• Capacité à programmer efficacement tout en veillant à ce que le code soit évolutif, documenté et facilement réutilisable.
• Capacité à naviguer dans un environnement Linux (gestion de serveurs distants)

Pour postuler

Envoi CV + lettre de motivation à :
- Jean-Philippe RASIGADE, jean-philippe.rasigade@chu-lyon.fr,
- Mélanie Colomb-Cotinat : melanie.colomb-cotinat@chu-lyon.fr

Hospices Civils de Lyon / Centre International de Recherche en Infectiologie.
Prise de fonction en septembre 2025. Contrat de 1 an.